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- PDB-3rgv: A single TCR bound to MHCI and MHC II reveals switchable TCR conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rgv
タイトルA single TCR bound to MHCI and MHC II reveals switchable TCR conformers
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Yae62 TCR a chain
  • Yae62 TCR b chain
  • peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MHC / MHC class I
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dai, S. / Huseby, E. / Scott-Browne, J. / Rubtsova, K. / Pinilla, C. / Crawford, F. / Marrack, P. / Yin, L. / Kappler, J.W.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: A Single T Cell Receptor Bound to Major Histocompatibility Complex Class I and Class II Glycoproteins Reveals Switchable TCR Conformers.
著者: Yin, L. / Huseby, E. / Scott-Browne, J. / Rubtsova, K. / Pinilla, C. / Crawford, F. / Marrack, P. / Dai, S. / Kappler, J.W.
履歴
登録2011年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yae62 TCR a chain
B: Yae62 TCR b chain
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6305
ポリマ－93,6305
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Yae62 TCR a chain
B: Yae62 TCR b chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6782
ポリマ－48,6782
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
3
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9523
ポリマ－44,9523
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.872, 146.409, 168.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 Yae62 TCR a chain


分子量: 22206.318 Da / 分子数: 1 / 変異: Y84C, C121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 Yae62 TCR b chain


分子量: 26471.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 31701.340 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 22-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / プラスミド: pAcUW51 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01901
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11761.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pAcUW51 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01887
#5: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 1489.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pAcUW51 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, pH 7, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.43 Å / Num. all: 34349 / Num. obs: 30372

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C60 and 2ZSV

3c60

2zsv


解像度: 2.9→19.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7944 / SU ML: 2.4 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 1535 5.05 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2046 30372 92.54 %-
all-34349 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.892 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.24 Å2 / Biso mean: 58.9744 Å2 / Biso min: 24.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.077 Å20 Å20 Å2
2--10.5099 Å2-0 Å2
3---9.5671 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6592 0 0 0 6592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3489207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1782412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9001-2.99340.42521090.33722307241682
2.9934-3.09990.40551150.3472164227977
3.0999-3.22350.45181220.35872245236780
3.2235-3.36950.3191380.26962543268191
3.3695-3.54610.24371430.21032675281895
3.5461-3.76680.28921380.19042742288097
3.7668-4.05520.2431410.17782777291898
4.0552-4.45880.20961670.15012758292598
4.4588-5.09390.16891510.13922837298899
5.0939-6.37980.231580.16832833299199
6.3798-19.42960.21371530.177529563109100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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