PDB-3rf2: Crystal Structure of 30S Ribosomal Protein S8 from Aquifex Aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rf2

タイトル

Crystal Structure of 30S Ribosomal Protein S8 from Aquifex Aeolicus

要素

30S ribosomal protein S8

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-binding protein / Aquifex aeolicus / hyperthermophilic bacterium / Ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

分子置換 /

多波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Menichelli, E. / Williamson, J.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structure of Aquifex aeolicus Ribosomal Protein S8 Reveals a Unique Subdomain that Contributes to an Extremely Tight Association with 16S rRNA.
著者: Menichelli, E. / Edgcomb, S.P. / Recht, M.I. / Williamson, J.R.

履歴

登録	2011年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Advisory / Author supporting evidence カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rf2.cif.gz	83.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rf2.ent.gz	63.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fqq-2 2hqv-d 6mx2-13 6vsw-2 2zo2-3 3n1j-d 6l7r-d 3x0l-d 4mn6-d 1h6h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 30S ribosomal protein S8

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.235, 96.235, 37.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-197- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CHARACTERIZED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND IN SOLUTION IT IS FOUND TO BE A MONOMER.

#1: タンパク質	30S ribosomal protein S8 分子量: 19494.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: rpsH, aq_1651 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O67566
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 40% PEG 400, 0.1M sodium acetate, 0.2M lithium sulphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.979
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	0.978, 0.918, 0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2010年6月23日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2010年4月29日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.978	1
3	0.918	1

Reflection

冗長度: 18.7 % / Av σ(I) over netI: 38.51 / 数: 208216 / R_merge(I) obs: 0.122 / Χ²: 1.07 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11135 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.6	50	99.7	1	0.089	1.417	18.9
4.45	5.6	100	1	0.091	1.159	19.8
3.88	4.45	100	1	0.102	1.044	19.9
3.53	3.88	100	1	0.121	1.001	20
3.28	3.53	100	1	0.146	1.018	20
3.08	3.28	100	1	0.178	1.019	19.8
2.93	3.08	99.5	1	0.232	1.009	19.4
2.8	2.93	99.5	1	0.261	1.053	17.7
2.69	2.8	96.4	1	0.348	0.988	16.2
2.6	2.69	90.3	1	0.365	0.966	14.6

反射

解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 9918 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.994 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.16-2.24	4.6	0.236	940	0.94	1,2	96.1
2.24-2.33	4.9	0.221	945	0.956	1,2	98.3
2.33-2.43	10.3	0.172	967	0.924	1,2	99.3
2.43-2.56	14.5	0.16	972	0.936	1,2	100
2.56-2.72	14.8	0.127	993	0.941	1,2	100
2.72-2.93	15	0.099	983	1.077	1,2	100
2.93-3.23	14.9	0.077	992	0.961	1,2	100
3.23-3.69	14.8	0.063	1006	1.036	1,2	100
3.69-4.65	14.6	0.057	1020	1.054	1,2	100
4.65-50	13.4	0.043	1100	1.015	1,2	99.4

-
位相決定

位相決定

手法
多波長異常分散
分子置換

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.62 / 反射: 3907

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	63.195	41.343	4.176	SE	60	1.38
2	68.017	47.223	0.809	SE	44	0.99
3	48.42	20.692	1.535	SE	60	1.23
4	60.419	81.891	4.652	SE	60	0.83
5	48.811	68.069	2.869	SE	60	0.97
6	84.7	35.135	1.363	SE	60	1.14
7	0.445	17.793	2.427	SE	54.4	0.52

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.95-1000	0.81	207
6.86-10.95	0.81	336
5.35-6.86	0.78	414
4.53-5.35	0.71	486
4-4.53	0.66	541
3.62-4	0.59	592
3.33-3.62	0.52	654
3.1-3.33	0.4	677

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	35.03 Å
Translation	2.2 Å	35.03 Å

Phasing dm

FOM : 0.72 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.69 / 反射: 3900 / Reflection acentric: 2980 / Reflection centric: 920

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
3-3.2	0.47	0.5	0.35	701	582	119
3.2-3.8	0.65	0.67	0.58	1151	931	220
3.8-4.3	0.77	0.8	0.69	649	508	141
4.3-5.4	0.85	0.86	0.79	659	497	162
5.4-8.6	0.87	0.89	0.82	543	367	176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.4	位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.16→30.432 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7713 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2674	971	9.98 %	RANDOM
R_work	0.2231	-	-	-
all	0.2275	9730	-	-
obs	0.2275	9730	97.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.458 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.6 Å² / B_iso mean: 51.4623 Å² / B_iso min: 16.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.4335 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.4335 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.867 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→30.432 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1333	0	25	51	1409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	1842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	193
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.451	536

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.16-2.2741	0.3432	130	0.2902	1138	1268	92
2.2741-2.4165	0.3267	131	0.2627	1193	1324	95
2.4165-2.603	0.3037	137	0.2695	1234	1371	98
2.603-2.8647	0.3409	138	0.2539	1258	1396	99
2.8647-3.2789	0.265	140	0.235	1257	1397	100
3.2789-4.1294	0.2485	145	0.1951	1303	1448	100
4.1294-30.4352	0.2313	150	0.2033	1376	1526	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2732	0.0178	0.1117	0.067	-0.0159	0.0667	0.1529	-0.4852	-0.7549	0.2775	0.1854	0.3656	0.1649	-0.3597	-0.0376	0.232	0.0126	0.0084	0.4456	0.2747	0.6466	1.0652	-26.1369	14.4411
2	0.0354	0.0335	-0.0966	0.0449	-0.104	0.2781	0.2018	0.3171	-0.5303	-0.1175	-0.1289	0.0269	-0.0907	0.2262	0.0565	0.1873	0.1195	-0.0494	0.219	-0.059	0.578	5.9316	-26.2704	3.1725
3	0.0173	0.0074	0.0099	0.0051	0.0039	0.0207	0.0157	-0.0467	-0.0793	-0.0388	0.018	0.0003	0.0802	0.0088	0.0198	0.1774	0.1261	-0.417	0.2584	0.4981	1.5957	14.2965	-40.7208	16.2319
4	0.0151	0.0336	-0.056	0.0601	-0.0884	0.1232	0.0954	-0.0936	-0.3717	-0.0022	0.0735	0.2005	0.1402	-0.253	0.0171	0.2994	-0.2127	-0.2009	0.1336	0.4934	1.2097	5.8284	-36.3659	16.5536
5	0.2524	-0.1066	0.0395	0.5275	0.2336	0.2562	-0.0274	-0.3397	-0.0735	0.2455	0.0595	0.2804	-0.219	-0.0699	0.0528	0.3578	0.0429	-0.0259	0.2815	0.0552	0.1039	3.2977	-16.4324	13.0896
6	0.9158	0.006	0.2466	0.8134	0.5169	0.5847	0.1767	0.5952	-0.3902	-0.3686	0.0308	0.0933	0.1623	0.1075	0.0153	0.2607	0.0442	-0.0369	0.33	-0.0689	0.1717	-5.5706	-15.3831	-3.4677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 31:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 54:69)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 70:98)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 99:120)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 121:168)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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