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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rf2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 30S Ribosomal Protein S8 from Aquifex Aeolicus | ||||||
要素 | 30S ribosomal protein S8 | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-binding protein / Aquifex aeolicus / hyperthermophilic bacterium / Ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
データ登録者 | Menichelli, E. / Williamson, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: The Structure of Aquifex aeolicus Ribosomal Protein S8 Reveals a Unique Subdomain that Contributes to an Extremely Tight Association with 16S rRNA. 著者: Menichelli, E. / Edgcomb, S.P. / Recht, M.I. / Williamson, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rf2.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rf2.ent.gz | 63.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rf2_validation.pdf.gz | 437.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rf2_full_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rf2_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rf2_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CHARACTERIZED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND IN SOLUTION IT IS FOUND TO BE A MONOMER. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19494.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: rpsH, aq_1651 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O67566 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 40% PEG 400, 0.1M sodium acetate, 0.2M lithium sulphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 18.7 % / Av σ(I) over netI: 38.51 / 数: 208216 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11135 / % possible obs: 98.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 9918 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 |
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Phasing MAD | D res high: 3 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.62 / 反射: 3907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing MR |
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Phasing dm | FOM : 0.72 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.69 / 反射: 3900 / Reflection acentric: 2980 / Reflection centric: 920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.16→30.432 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7713 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.458 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.6 Å2 / Biso mean: 51.4623 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→30.432 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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