PDB-3r9i: 2.6A resolution structure of MinD complexed with MinE (12-31) peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r9i

タイトル

2.6A resolution structure of MinD complexed with MinE (12-31) peptide

要素

Cell division topological specificity factor
Septum site-determining protein minD

キーワード

CELL CYCLE / HYDROLASE/CELL CYCLE / ATPase / bacterial cell division inhibitor / mine / HYDROLASE-CELL CYCLE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum site selection / regulation of division septum assembly / cell pole / negative regulation of cell division / intracellular mRNA localization / ATPase activator activity / chromosome segregation / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Park, K.-T. / Wu, W. / Holyoak, T. / Lutkenhaus, J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The Min Oscillator Uses MinD-Dependent Conformational Changes in MinE to Spatially Regulate Cytokinesis.
著者: Park, K.T. / Wu, W. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Holyoak, T. / Lutkenhaus, J.

履歴

登録	2011年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r9i.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r9i.ent.gz	173.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r9i_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r9i_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3r9i_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	3r9i_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r9jC 3q9lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k02-1 3q9l-d 2xll-2 4zrb-1 1zkm-2 3fgt-d 1n9m-d 4c0z-6 1zkm-1 3p1u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Septum site-determining protein minD

B: Septum site-determining protein minD

C: Septum site-determining protein minD

D: Septum site-determining protein minD

E: Cell division topological specificity factor

F: Cell division topological specificity factor

G: Cell division topological specificity factor

H: Cell division topological specificity factor

ヘテロ分子

125 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Septum site-determining protein minD

B: Septum site-determining protein minD

E: Cell division topological specificity factor

F: Cell division topological specificity factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Septum site-determining protein minD

D: Septum site-determining protein minD

G: Cell division topological specificity factor

H: Cell division topological specificity factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.293, 71.796, 76.644
Angle α, β, γ (deg.)	102.640, 95.870, 111.720
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:258 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	A
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:258 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	B
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 2:258 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	C
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 2:258 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	D
1	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 13:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	E
2	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 13:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	F
3	1	2	CHAIN G AND (RESSEQ 13:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	G
4	1	2	CHAIN H AND (RESSEQ 13:26 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)	H

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.816296, -0.576484, 0.036422), (-0.577459, 0.812876, -0.075984), (0.014197, -0.083057, -0.996444)	-0.055686, 0.103241, 0.02754
2	given	(0.457269, 0.060284, -0.887283), (0.697792, -0.642862, 0.315935), (-0.551354, -0.763606, -0.336026)	-16.221001, 63.756199, -2.59737
3	given	(-0.783577, 0.318854, 0.533234), (0.339721, -0.498707, 0.797422), (0.520189, 0.805992, 0.282454)	-23.9396, 61.1619, -2.25755
4	given	(-0.829505, -0.558349, 0.012932), (-0.557704, 0.826868, -0.072486), (0.029779, -0.06734, -0.997286)	-0.43301, -0.150494, -0.130804
5	given	(0.464161, 0.029462, -0.88526), (0.684016, -0.646897, 0.337115), (-0.56274, -0.762008, -0.320417)	-15.0434, 63.797401, -2.65225
6	given	(-0.789982, 0.310548, 0.528667), (0.33423, -0.504751, 0.795937), (0.514022, 0.805473, 0.29495)	-23.9715, 61.3634, -2.08804

#1: タンパク質	Septum site-determining protein minD / Cell division inhibitor minD 分子量: 28500.656 Da / 分子数: 4 / 変異: D40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1175, JW1164, minD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEZ3
#2: タンパク質・ペプチド	Cell division topological specificity factor / minE 分子量: 2385.811 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 12-31 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A734
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: 20% w/v PEG3350, 100 mM citrate, 200 mM sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→73.24 Å / Num. all: 36883 / Num. obs: 36883 / % possible obs: 98.47 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 7.149

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
2.6-2.74	3.47	0.57	2.37	18794	5413	98.22
2.74-2.91	3.45	0.41	3.16	17505	5072	98.07
2.91-3.11	3.51	0.3	4.17	16718	4768	98.39
3.11-3.36	3.66	0.22	5.69	16339	4465	98.5
3.36-3.68	3.56	0.15	7.87	14579	4098	98.68
3.68-4.11	3.34	0.11	10.06	12398	3712	98.67
4.11-4.75	3.42	0.08	12.35	11238	3287	98.89
4.75-5.81	3.62	0.08	12.21	10060	2778	98.72
5.81-8.22	3.4	0.08	11.92	7242	2132	99.07
8.22-73.24	3.57	0.05	17.29	4134	1158	97.52

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.74 Å	45.53 Å
Translation	2.74 Å	45.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_661	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q9L

3q9l

解像度: 2.6→43.417 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	1852	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2033	36875	98.47 %	-
all	-	36883	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.393 Å² / k_sol: 0.434 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.78 Å² / B_iso mean: 30.5946 Å² / B_iso min: 9.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3529 Å²	-6.5611 Å²	-0.8253 Å²
2-	-	2.2676 Å²	-0.8367 Å²
3-	-	-	-7.6206 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8182	0	108	177	8467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8372
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.356	11333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.959	3161

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1913	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	2	B	1913	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	3	C	1914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
1	4	D	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
2	1	E	110	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
2	2	F	110	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
2	3	G	103	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
2	4	H	110	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6001-2.6703	0.3011	131	0.2677	2731	2862	98
2.6703-2.7489	0.3044	139	0.2607	2691	2830	98
2.7489-2.8376	0.2569	148	0.2424	2676	2824	98
2.8376-2.939	0.3073	139	0.2196	2690	2829	98
2.939-3.0567	0.2691	136	0.2222	2713	2849	98
3.0567-3.1957	0.2988	138	0.2168	2688	2826	98
3.1957-3.3642	0.282	142	0.2253	2653	2795	99
3.3642-3.5749	0.2818	127	0.2178	2730	2857	99
3.5749-3.8507	0.228	171	0.1938	2666	2837	99
3.8507-4.2379	0.2014	121	0.164	2731	2852	99
4.2379-4.8505	0.1607	138	0.1492	2693	2831	99
4.8505-6.1084	0.2327	148	0.1913	2708	2856	99
6.1084-43.423	0.2127	174	0.1848	2653	2827	98

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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