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- PDB-3p1u: Crystal structure of a SusD homolog (BDI_0600) from Parabacteroid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p1u
タイトルCrystal structure of a SusD homolog (BDI_0600) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 AT 2.05 A resolution
要素SusD homolog
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / SusD/RagB family nutrient-binding outer membrane lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a SusD homolog (YP_001301998.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.05 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
B: SusD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5753
ポリマ－119,4792
非ポリマー961
水10,665592
1
A: SusD homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7391
ポリマ－59,7391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SusD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8352
ポリマ－59,7391
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.242, 130.242, 114.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog


分子量: 59739.395 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 26-553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (バクテリア)
株: DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_0600 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6L9L2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 26-553) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 26-553) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.47
詳細: 1.13M ammonium sulfate, 0.1M phosphate-citrate pH 4.47, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97916,0.97860
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979161
30.97861
反射解像度: 2.05→28.701 Å / Num. obs: 69272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Rsym value: 0.252 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 0.965 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
SCALA3.2.5data processing
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→28.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. SULFATE FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER IS MODELED INTO THE STRUCTURE. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. LYS 64 ON THE A AND B SUBUNITS AND PRO 462 ON THE A AND B SUBUNITS ARE RAMACHANDRAN OUTLIERS, BUT THEIR MODELING IS SUPPORTED BY ELECTRON DENSITY. 5. THE R AND R-FREE VALUES ARE ELEVATED COMPARED WITH OTHER STRUCTURES IN THE PDB REFINED AT THE SAME RESOLUTION, AND THIS CAN LIKELY BE ATTRIBUTED TO UNIDENTIFIED CRYSTAL DISORDERS THAT RESULT IN REDUCED DATA QUALITY. 6. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3503 5.06 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.244 69269 --
原子変位パラメータBiso mean: 18.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6302 Å20 Å20 Å2
2--1.6302 Å20 Å2
3----3.2604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8073 0 5 592 8670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.3711343HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2866SINUSOIDAL10
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes233HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1216HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1085SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10979SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 249 4.9 %
Rwork0.2017 4834 -
all0.2027 5083 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25270.0579-0.02130.3714-0.02520.2603-0.00180.0112-0.00260.0008-0.00270.0222-0.0026-0.04580.0045-0.08680.00210.0087-0.05850.0234-0.0542-42.447313.01475.1758
20.3152-0.09610.08680.4956-0.07730.2410.02230.002-0.00930.05040.01190.0521-0.0243-0.0104-0.0342-0.0933-0.0040.0047-0.08090.0247-0.0385-43.6159-8.6921127.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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