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万見
- PDB-3r61: Structure of the MntR Co2+ Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r61
タイトルStructure of the MntR Co2+ Complex
要素Transcriptional regulator mntR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Winged helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element ...HTH-type transcription regulator MntR / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HTH-type transcriptional regulator MntR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9002 Å
データ登録者Glasfeld, A. / Brophy, M.B. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Nix, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR.
著者: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A.
履歴
登録2011年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator mntR
B: Transcriptional regulator mntR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9066
ポリマ－33,3122
非ポリマー5944
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.930, 75.013, 96.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator mntR / Manganese transport regulator


分子量: 16655.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: Bacillus subtilis, BSU24520, mntR, yqhN / プラスミド: pHB7506 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54512
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM Lithium Sulfate, 20% 1,2-Propanediol, 0.5 mM Cobalt(II) Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.45 Å / Num. obs: 26945 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F5D

2f5d


解像度: 1.9002→41.445 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 1240 4.88 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2157 25409 94.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.874 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8589 Å2-0 Å20 Å2
2---6.7319 Å2-0 Å2
3---14.5908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9002→41.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 32 122 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8592988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.32906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9002-1.97630.34161230.32072338X-RAY DIFFRACTION83
1.9763-2.06630.31571550.24582488X-RAY DIFFRACTION90
2.0663-2.17520.28271270.23092621X-RAY DIFFRACTION93
2.1752-2.31150.34831180.22442558X-RAY DIFFRACTION91
2.3115-2.48990.2621390.20962712X-RAY DIFFRACTION96
2.4899-2.74040.27181430.22182751X-RAY DIFFRACTION97
2.7404-3.13690.29041330.20862826X-RAY DIFFRACTION99
3.1369-3.95160.21591460.19722880X-RAY DIFFRACTION100
3.9516-41.45530.22651560.19942995X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.774-0.11970.40140.6027-0.56711.0319-0.04650.0199-0.3309-0.15970.3766-0.40330.0640.4423-0.00020.2709-0.07980.03640.3131-0.16490.380416.306719.550463.2376
21.3491.4634-1.89482.0564-1.73182.87540.45881.81180.2743-1.93330.35290.97940.0264-1.47610.15750.7241-0.0844-0.05910.5862-0.24660.45448.230418.434154.224
30.4908-0.0425-0.69650.72980.07880.8640.15490.14470.08420.04580.23780.6314-0.038-0.17130.00090.15870.0115-0.06460.20520.07570.37856.729419.554869.4401
40.98540.5279-0.92782.2116-0.69441.3614-0.0656-0.04250.168-0.04840.0639-0.2611-0.03450.127300.1884-0.011-0.04780.1504-0.00010.172218.09015.701877.286
50.66580.4533-0.91211.51030.02941.54740.0273-0.07020.43330.1141-0.1732-0.01220.12540.025-0.00010.15870.0059-0.02880.1496-0.08310.097411.9534.596389.671
61.3496-0.88660.25420.7714-0.18250.47410.16670.17320.3529-0.1024-0.0114-0.06650.0949-0.3592-00.2328-0.039-0.02740.25840.09650.18447.8024-18.939365.0715
70.18930.36460.1991.46771.00880.94360.42120.5330.8798-0.7789-0.313-0.92820.1056-0.1155-0.00080.36290.1090.20460.4530.3370.473612.2514-16.357756.7446
80.8258-0.64770.41770.5121-0.37390.52530.23850.00810.04120.19520.193-0.74470.06050.18640.00080.21430.0025-0.04610.2036-0.03460.461417.1974-20.024869.647
91.40180.70340.1631.57340.49112.26680.08120.005-0.191-0.1338-0.04150.26670.0882-0.037300.0978-0.0352-0.03980.1179-0.03960.13526.0191-5.035977.3669
100.78391.37510.3252.3794-0.04091.88680.0232-0.0396-0.29410.2939-0.29410.02480.2812-0.3029-0.00040.2207-0.0474-0.02780.19470.00690.078710.7302-2.020989.9751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:49)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 50:79)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 80:104)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 105:136)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 4:29)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 30:52)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 53:75)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 76:104)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 105:136)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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