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- PDB-3r3m: Crystal structure of the FAF1 UBX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r3m
タイトルCrystal structure of the FAF1 UBX domain
要素FAS-associated factor 1
キーワードAPOPTOSIS / beta grasp fold / p97 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / protein kinase regulator activity / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway / heat shock protein binding ...ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / protein kinase regulator activity / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / regulation of protein catabolic process / NF-kappaB binding / regulation of cell adhesion / ERAD pathway / heat shock protein binding / ubiquitin binding / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein catabolic process / nuclear envelope / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / Fas-associated factor 1 / UAS / : / UAS / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain ...FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / Fas-associated factor 1 / UAS / : / UAS / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / FAS-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Haenzelmann, P. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Hierarchical Binding of Cofactors to the AAA ATPase p97.
著者: Hanzelmann, P. / Buchberger, A. / Schindelin, H.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: FAS-associated factor 1
A: FAS-associated factor 1
C: FAS-associated factor 1
D: FAS-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0757
ポリマ－39,7904
非ポリマー2853
水43224
1
A: FAS-associated factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9471
ポリマ－9,9471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FAS-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－9,9471
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: FAS-associated factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9471
ポリマ－9,9471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: FAS-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0422
ポリマ－9,9471
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.755, 92.755, 108.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTHRTHRchain B and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )BA571 - 6186 - 53
12ARGARGLYSLYSchain B and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )BA621 - 64956 - 84
21GLUGLUTHRTHRchain A and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )AB571 - 6186 - 53
22ARGARGLYSLYSchain A and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )AB621 - 64956 - 84
31GLUGLUTHRTHRchain C and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )CC571 - 6186 - 53
32ARGARGLYSLYSchain C and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )CC621 - 64956 - 84
41GLUGLUTHRTHRchain D and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )DD571 - 6186 - 53
42ARGARGLYSLYSchain D and (resseq 571:618 or resseq 621:649 )DD621 - 64956 - 84

-
要素

#1: タンパク質
FAS-associated factor 1 / hFAF1 / UBX domain-containing protein 12 / UBX domain-containing protein 3A


分子量: 9947.401 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 568-650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAF1, UBXD12, UBXN3A, CGI-03 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNN5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.1 M imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月6日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→80.34 Å / Num. all: 10693 / Num. obs: 10693 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1559 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QQ8

3qq8


解像度: 3→42.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 498 4.79 %random
Rwork0.1743 ---
all0.1782 10402 --
obs0.1782 10402 97.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.417 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 198.21 Å2 / Biso mean: 54.3095 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6734 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6734 Å20 Å2
3----1.3467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 15 24 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.324
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.002
12A640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.002
13C640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.128
14D640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.919
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26941.2612-0.99245.2613-1.96840.93880.0633-0.02150.34050.83690.36250.1332-0.3373-0.2041-0.21540.17950.02780.00580.17670.03030.0867-36.403413.54032.818
20.82950.1188-0.43841.63480.33630.372-0.03690.3357-0.1547-0.39590.10790.014-0.0502-0.2009-0.08010.108-0.0375-0.00540.2372-0.01410.1167-38.387416.8059-23.9131
32.05561.1834-1.09241.2603-1.00871.6238-0.3172-0.2084-0.70270.032-0.2505-0.49610.01690.58950.54520.0748-0.00720.03870.21990.18880.3474-15.217312.7684-8.4262
41.48740.1948-2.0031.996-0.64514.72540.23510.36380.14350.2864-0.1927-0.2119-1.1429-0.9677-0.01090.46270.1793-0.06460.2720.02530.0636-42.22938.3038-11.1458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 566:649)A566 - 649
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 568:649)B568 - 649
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 569:649)C569 - 649
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 567:649)D567 - 649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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