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- PDB-4mo0: Crystal structure of aIF1 from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mo0
タイトルCrystal structure of aIF1 from Methanocaldococcus jannaschii
要素Protein translation factor SUI1 homolog
キーワードTRANSLATION / alpha-beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


translation reinitiation / formation of translation preinitiation complex / translation initiation factor activity
類似検索 - 分子機能
Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / : / SUI1-like domain / Translation Initiation Factor Eif1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translation factor SUI1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmitt, E. / Mechulam, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aIF1 from Methanocaldococcus jannaschii
著者: Coureux, P.-D. / Schmitt, E. / Monestier, A. / Larquet, E. / Cladiere, L. / Menetret, J.-F. / Klaholz, B. / Mechulam, Y.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translation factor SUI1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6221
ポリマ－11,6221
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.440, 51.440, 146.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein translation factor SUI1 homolog / aIF1


分子量: 11621.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0463, sui1 / プラスミド: pet15blpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q57902
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月16日
放射モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.9 Å / Num. all: 7257 / Num. obs: 7272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.032
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 905 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→32.866 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 339 4.7 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2203 7214 99.24 %-
all-7257 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.946 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8036 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.8036 Å2-0 Å2
3----7.6071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数627 0 0 38 665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.073838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.412252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.64580.25891760.23413333X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-32.87030.21961630.21643542X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.5593 Å / Origin y: 14.6822 Å / Origin z: 6.4597 Å
111213212223313233
T0.1993 Å20.0178 Å20.0282 Å2-0.3356 Å20.112 Å2--0.2675 Å2
L3.3137 °2-2.1789 °21.8248 °2-3.2909 °2-1.2279 °2--4.0659 °2
S0.0648 Å °-0.0089 Å °0.0874 Å °0.0616 Å °0.0814 Å °0.045 Å °-0.0286 Å °-0.1461 Å °-0.1143 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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