[日本語] English
万見
- PDB-3r3k: Crystal structure of a parallel 6-helix coiled coil -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r3k
タイトルCrystal structure of a parallel 6-helix coiled coil
要素CChex-Phi22 helix
キーワードDE NOVO PROTEIN / parallel hexamer / KIH interactions / hydrophobic channel / synthetic biology
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2009 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Chi, B.H.C. / Woolfson, D.N. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A de novo peptide hexamer with a mutable channel.
著者: Zaccai, N.R. / Chi, B. / Thomson, A.R. / Boyle, A.L. / Bartlett, G.J. / Bruning, M. / Linden, N. / Sessions, R.B. / Booth, P.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,72111
ポリマ－10,4343
非ポリマー2878
水1,27971
1
A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子

A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,44122
ポリマ－20,8676
非ポリマー57416
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
2
A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子

A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子

A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子

A: CChex-Phi22 helix
B: CChex-Phi22 helix
C: CChex-Phi22 helix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,88344
ポリマ－41,73512
非ポリマー1,14832
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area21340 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.660, 54.480, 128.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-45-

HOH

21B-74-

HOH

31B-84-

HOH

41C-42-

HOH

51C-65-

HOH

61C-72-

HOH

71C-88-

HOH

81C-89-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CChex-Phi22 helix


分子量: 3477.891 Da / 分子数: 3 / 断片: helix from coiled coil domain / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis carried out according to standard Fmoc SPPS protocols
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM sodium L-glutamate, 20 mM alanine (racemic), 20 mM glycine, 20 mM lysine hydrochloride (racemic), 20 mM serine (racemic), 50 mM sodium HEPES, 50 mM MOPS (acid) pH 7.5, 20 % ethylene ...詳細: 20 mM sodium L-glutamate, 20 mM alanine (racemic), 20 mM glycine, 20 mM lysine hydrochloride (racemic), 20 mM serine (racemic), 50 mM sodium HEPES, 50 mM MOPS (acid) pH 7.5, 20 % ethylene glycol,10 % PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.14 Å / Num. obs: 5716 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2009→23.21 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: F(+) and F(-) treated separately during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 472 4.64 %RANDOM
Rwork0.2124 ---
obs0.2153 10181 93.46 %-
all-10181 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.818 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2927 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.2866 Å20 Å2
3----5.3988 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2009→23.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 14 71 763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.285927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.327273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004113
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2009-2.5190.23181310.21382787X-RAY DIFFRACTION81
2.519-3.17240.31151730.19093475X-RAY DIFFRACTION100
3.1724-23.21080.26021680.22573447X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る