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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r1a | ||||||
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タイトル | Closed crystal structure of cytochrome P450 2B4 covalently bound to the mechanism-based inactivator tert-butylphenylacetylene | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2B4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / oxidoreductase / membrane protein / T302 covalently linked to tert-butylphenylacetylene / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gay, S.C. / Zhang, H. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Mammalian Cytochrome P450 2B4 Covalently Bound to the Mechanism-Based Inactivator tert-Butylphenylacetylene: Insight into Partial Enzymatic Activity. 著者: Gay, S.C. / Zhang, H. / Wilderman, P.R. / Roberts, A.G. / Liu, T. / Li, S. / Lin, H.L. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R. #1: ![]() タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction. 著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #2: ![]() タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9-A resolution: insight into the range of P450 conformations and the coordination of redox partner binding. 著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #3: ![]() タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6-A resolution. 著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. #4: ![]() タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4. 著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #5: ![]() タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: ligand-induced structural response through alpha-helical repositioning. 著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #6: ![]() タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel . 著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #7: ![]() タイトル: Plasticity of cytochrome P450 2B4 as investigated by hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and X-ray crystallography. 著者: Wilderman, P.R. / Shah, M.B. / Liu, T. / Li, S. / Hsu, S. / Roberts, A.G. / Goodlett, D.R. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 713.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 583.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 138.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 176.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
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集合体
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54169.082 Da / 分子数: 8 変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, P221S, H226Y 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-TB2 / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH TERT-BUTYLPHENYLACETYLENE, CATALASE, CYTOCHROME P450 REDUCTASE, AND ...THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH TERT-BUTYLPHENY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→229.275 Å / Num. all: 51302 / Num. obs: 51302 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 72.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 44.43 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SUO 解像度: 3.5→115.93 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.456 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 159.12 Å2 / Biso mean: 73.8183 Å2 / Biso min: 29.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→115.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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