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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r0e | ||||||
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タイトル | Structure of Remusatia vivipara lectin | ||||||
要素 | (Lectin) x 2 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding / carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Remusatia vivipara (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shetty, K.N. / Bhat, G.G. / Swamy, B.M. / Suguna, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of a {beta}-prism II lectin from Remusatia vivipara. 著者: Shetty, K.N. / Bhat, G.G. / Inamdar, S.R. / Swamy, B.M. / Suguna, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r0e.cif.gz | 96.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r0e.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r0e_validation.pdf.gz | 436.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r0e_full_validation.pdf.gz | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r0e_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r0e_validation.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1msaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11873.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-132 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Remusatia vivipara (植物) / 器官: Tuber / 参照: UniProt: B5LYJ9 #2: タンパク質 | 分子量: 12299.721 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 140-249 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Remusatia vivipara (植物) / 器官: Tuber / 参照: UniProt: B5LYJ9 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 100 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→113.54 Å / Num. obs: 25788 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MSA 解像度: 2.4→113.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.386 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.329 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→113.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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