+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r0e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Remusatia vivipara lectin | ||||||
![]() | (Lectin) x 2 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding / carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta / Mannose-specific lectin 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shetty, K.N. / Bhat, G.G. / Swamy, B.M. / Suguna, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a {beta}-prism II lectin from Remusatia vivipara. 著者: Shetty, K.N. / Bhat, G.G. / Inamdar, S.R. / Swamy, B.M. / Suguna, K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1msaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11873.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-132 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 12299.721 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 140-249 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 100 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→113.54 Å / Num. obs: 25788 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 92.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MSA 解像度: 2.4→113.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.386 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.329 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→113.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
|