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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qz0 | ||||||
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タイトル | Structure of Treponema denticola Factor H Binding protein (FhbB), selenomethionine derivative | ||||||
要素 | Factor H binding protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Factor H binding protein / Factor H | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2300 / : / : / Factor H binding protein B / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Treponema denticola (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, D.P. / McDowell, J.V. / Heroux, A. / Bell, J.K. / Marconi, R.T. / Conrad, D.H. / Burgner, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structure of factor H-binding protein B (FhbB) of the periopathogen, Treponema denticola: insights into progression of periodontal disease. 著者: Miller, D.P. / Bell, J.K. / McDowell, J.V. / Conrad, D.H. / Burgner, J.W. / Heroux, A. / Marconi, R.T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Crystallization of the factor H-binding protein, FhbB, from the periopathogen Treponema denticola. 著者: Miller, D.P. / McDowell, J.V. / Bell, J.K. / Marconi, R.T. #2: ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2009 タイトル: Analysis of unique interaction between complement regulatory protein factor H and periodontal pathogen Treponema denticola 著者: McDowell, J.V. / Huang, B. / Fenno, J.C. / Marconi, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qz0.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qz0.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qz0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qz0_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qz0_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qz0_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qz0_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/3qz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/3qz0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10700.863 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-102 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア) 株: 35405 / 遺伝子: fhbB, TDE_0108 / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)(pLyS) / 参照: UniProt: Q73RI0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.39 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 0.2 M sodium thiocyanate, 10 mM dithiothreitol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2822 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2822 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 19293 / Num. obs: 19167 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→45.207 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.24 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.98 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→45.207 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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