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- PDB-3qz0: Structure of Treponema denticola Factor H Binding protein (FhbB),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz0
タイトルStructure of Treponema denticola Factor H Binding protein (FhbB), selenomethionine derivative
要素Factor H binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / Factor H binding protein / Factor H
機能・相同性
機能・相同性情報


Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2300 / : / : / Factor H binding protein B / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Factor H binding protein B domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Miller, D.P. / McDowell, J.V. / Heroux, A. / Bell, J.K. / Marconi, R.T. / Conrad, D.H. / Burgner, J.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of factor H-binding protein B (FhbB) of the periopathogen, Treponema denticola: insights into progression of periodontal disease.
著者: Miller, D.P. / Bell, J.K. / McDowell, J.V. / Conrad, D.H. / Burgner, J.W. / Heroux, A. / Marconi, R.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization of the factor H-binding protein, FhbB, from the periopathogen Treponema denticola.
著者: Miller, D.P. / McDowell, J.V. / Bell, J.K. / Marconi, R.T.
#2: ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2009
タイトル: Analysis of unique interaction between complement regulatory protein factor H and periodontal pathogen Treponema denticola
著者: McDowell, J.V. / Huang, B. / Fenno, J.C. / Marconi, R.T.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Structure summary
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32012年6月20日Group: Database references
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Factor H binding protein
B: Factor H binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6105
ポリマ－21,4022
非ポリマー2083
水2,738152
1
A: Factor H binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7011
ポリマ－10,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Factor H binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9094
ポリマ－10,7011
非ポリマー2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.921, 46.921, 168.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

SCN

21B-103-

SCN

31B-103-

SCN

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要素

#1: タンパク質 Factor H binding protein


分子量: 10700.863 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-102 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
株: 35405 / 遺伝子: fhbB, TDE_0108 / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)(pLyS) / 参照: UniProt: Q73RI0
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.39 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 0.2 M sodium thiocyanate, 10 mM dithiothreitol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 19293 / Num. obs: 19167 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVEwithin PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→45.207 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.24 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1903 10 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1906 19030 98.35 %-
all-19293 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.98 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6285 Å2-0 Å20 Å2
2---0.6285 Å2-0 Å2
3---1.257 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→45.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 12 152 1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0381725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.066500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7704-1.83370.2461830.19331648X-RAY DIFFRACTION97
1.8337-1.90710.24041830.18661646X-RAY DIFFRACTION97
1.9071-1.99390.21971830.19091652X-RAY DIFFRACTION98
1.9939-2.09910.19551870.17841675X-RAY DIFFRACTION99
2.0991-2.23060.18181910.17651715X-RAY DIFFRACTION99
2.2306-2.40280.23681870.18071689X-RAY DIFFRACTION99
2.4028-2.64460.21981920.19451729X-RAY DIFFRACTION99
2.6446-3.02720.19131930.20361740X-RAY DIFFRACTION99
3.0272-3.81360.1971960.18891761X-RAY DIFFRACTION99
3.8136-45.22170.19032080.18131872X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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