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万見
- PDB-3qy1: 1.54A Resolution Crystal Structure of a Beta-Carbonic Anhydrase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qy1
タイトル1.54A Resolution Crystal Structure of a Beta-Carbonic Anhydrase from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.54A Resolution Crystal Structure of a Beta-Carbonic Anhydrase from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3764
ポリマ－50,2452
非ポリマー1312
水8,053447
1
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7528
ポリマ－100,4914
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15190 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.252, 48.223, 80.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 25122.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM0171, yadF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8ZRS0, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30%PEG 4K,0.2M NH4 Acetate, 0.1Na Citrate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→43.88 Å / Num. all: 59389 / Num. obs: 59389 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4342 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
MrBUMP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T75

1t75


解像度: 1.54→22.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9677 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9668 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1718 2999 5.05 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.1572 59370 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8756 Å20 Å2-0.5992 Å2
2--2.4782 Å20 Å2
3----4.3538 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→22.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3411 0 2 447 3860
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1635SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes99HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes507HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3524HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion452SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4707SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3524HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4795HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.69
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 197 5.09 %
Rwork0.2046 3675 -
all0.2055 3872 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98581.8886-2.99134.0811-2.43748.95470.00820.0937-0.124-0.37240.0563-0.1491-0.08590.4642-0.06450.0425-0.0350.113-0.0615-0.0633-0.129419.5191-12.3724-30.8923
22.0240.1185-0.55493.5350.07193.84530.15820.42450.0562-0.4826-0.0883-0.1638-0.23170.0118-0.06990.00090.04780.0151-0.02540.0174-0.12320.9304-8.5927-23.8364
31.2421-0.1993-0.16891.26840.11350.64090.05280.20680.0865-0.2788-0.0412-0.0166-0.1573-0.0792-0.01160.03090.02640.0009-0.03450.0163-0.0519-1.4666-7.2573-15.138
41.1816-1.3730.43542.2144-0.75120.15540.07060.0205-0.1991-0.2193-0.00940.20090.0775-0.1166-0.0612-0.0262-0.0088-0.0269-0.0469-0.00820.0084-10.907-24.2169-8.1969
56.68691.36720.73192.05080.01233.48520.05760.5216-0.3547-0.2510.07050.45050.1227-0.2685-0.12810.00110.0168-0.11790.0793-0.02310.0847-24.0849-20.4921-16.9924
61.24241.53280.40114.31781.38842.28250.1160.15390.0621-0.0954-0.04970.2001-0.1556-0.1868-0.0663-0.06380.0628-0.0115-0.06390.0153-0.0725-11.9112-5.9106-11.7487
71.67330.5928-0.2532.39460.2377-0.0980.09020.43780.1098-0.408-0.06690.2128-0.1944-0.3221-0.02330.08890.0743-0.04960.01950.0262-0.0845-10.3365-4.133-21.5009
81.0308-0.3983-0.96461.4957-2.234-1.03080.08430.00060.1325-0.04170.00890.0136-0.116-0.0347-0.0932-0.01260.09650.0012-0.05120.06330.0348-16.84524.7091-12.6393
92.24472.03730.23510.54862.4274.79810.03620.42290.1891-0.27090.14540.5583-0.1003-0.4189-0.1816-0.03150.0679-0.13030.05520.0720.0558-23.8844-8.1902-19.1318
10-0.24691.23531.61292.0467-0.98911.580.02320.32520.1788-0.10080.10890.0533-0.1315-0.0935-0.13210.12770.09030.00050.19140.0085-0.3435-5.4163-4.2061-33.3988
111.8620.05791.76222.69963.90782.36540.06410.0782-0.1811-0.1047-0.0468-0.0416-0.0091-0.009-0.01730.2581-0.1423-0.05290.3222-0.1522-0.4287-4.9376-21.2879-38.1508
121.64071.1068-1.34483.3371-0.3291.871-0.08890.3117-0.0698-0.45590.0915-0.03330.0986-0.0429-0.0026-0.03640.00280.0154-0.1105-0.024-0.11048.7931-17.886-22.2656
131.32470.0386-0.04811.242-0.05040.7946-0.01640.1038-0.1393-0.24720.0026-0.08950.01280.01340.0139-0.02360.00520.021-0.0756-0.0137-0.02156.9799-19.9387-13.4975
140.18880.3297-0.04373.88241.1033-0.07350.1245-0.06410.2584-0.09080.0979-0.4041-0.20420.1152-0.22240.0316-0.03150.0428-0.0412-0.01880.055612.90990.9048-5.7311
154.2929-0.8758-0.93561.0897-0.14481.51510.0444-0.10340.1016-0.042-0.0455-0.2131-0.19410.29890.0011-0.0212-0.03920.0177-0.00130.00270.043617.4625-7.2202-1.3099
161.28541.906-0.78183.1794-0.87560.9490.0354-0.1199-0.08150.0193-0.0891-0.2366-0.00410.25560.0538-0.08490.00530.0086-0.01830.01030.032120.3253-15.209-6.8726
170.83960.577-0.4741.1236-0.17271.6421-0.04640.0901-0.1975-0.2085-0.0462-0.40260.06520.37380.0927-0.00930.02770.0618-0.04740.00340.057818.1506-22.4811-15.5942
182.8647-0.14440.28452.02950.30660.27460.0559-0.0513-0.2532-0.0609-0.2033-0.17840.05830.25450.1474-0.09530.04880.03440.02910.03410.10627.4016-21.4228-7.2379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|3 - 31}A3 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2{A|32 - 54}A32 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3{A|55 - 104}A55 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{A|105 - 127}A105 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5{A|128 - 145}A128 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6{A|146 - 167}A146 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7{A|168 - 196}A168 - 196
8X-RAY DIFFRACTION8{A|197 - 201}A197 - 201
9X-RAY DIFFRACTION9{A|202 - 217}A202 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10{B|2 - 14}B2 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11{B|15 - 31}B15 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12{B|32 - 54}B32 - 54
13X-RAY DIFFRACTION13{B|55 - 102}B55 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14{B|103 - 116}B103 - 116
15X-RAY DIFFRACTION15{B|117 - 133}B117 - 133
16X-RAY DIFFRACTION16{B|134 - 167}B134 - 167
17X-RAY DIFFRACTION17{B|168 - 197}B168 - 197
18X-RAY DIFFRACTION18{B|198 - 217}B198 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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