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Yorodumi- PDB-3mf3: Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mf3 | ||||||
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Title | Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / beta-carbonic anhydrase / Haemophilus influenzae / bicarbonate / zinc metalloenzyme / cobalt substitution | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Hoffmann, K.M. / Rowlett, R.S. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The Structure and Properties of Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase. Authors: Hoffmann, K.M. / Samardzic, D. / van den Heever, K. / Rowlett, R.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mf3.cif.gz | 530 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mf3.ent.gz | 443.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mf3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mf3_validation.pdf.gz | 487.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mf3_full_validation.pdf.gz | 520.8 KB | Display | |
Data in XML | 3mf3_validation.xml.gz | 51 KB | Display | |
Data in CIF | 3mf3_validation.cif.gz | 69.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mf3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2a8cS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25317.910 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: can, HI1301 / Plasmid: PTRC99A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P45148, carbonic anhydrase #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-Cl, 0.1 M ammonium sulfate, 27% PEG 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.95 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2008 / Details: collimating mirror |
Radiation | Monochromator: collimating mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→122.463 Å / Num. all: 58139 / Num. obs: 58139 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2A8C Resolution: 2.5→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.373 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.469 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.256 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.15 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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