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- PDB-1i6p: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI BETA CARBONIC ANHYDRASE (ECCA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI BETA CARBONIC ANHYDRASE (ECCA)
要素CARBONIC ANHYDRASE
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / metalloenzyme / zinc coordination / pH-dependent activity / MAD phasing
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / protein homotetramerization / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cronk, J.D. / Endrizzi, J.A. / Cronk, M.R. / O'Neill, J.W. / Zhang, K.Y.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of E. coli beta-carbonic anhydrase, an enzyme with an unusual pH-dependent activity.
著者: Cronk, J.D. / Endrizzi, J.A. / Cronk, M.R. / O'neill, J.W. / Zhang, K.Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Cloning, crystallization and preliminary characterization of a beta carbonic anhydrase from Escherichia coli
著者: Cronk, J.D. / O'Neill, J.W. / Cronk, M.R. / Endrizzi, J.A. / Zhang, K.Y.J.
履歴
登録2001年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 99DENSITY FOR THE FOLLOWING ATOMS WITHIN THE MAIN CHAIN IS RELATIVELY WEAK AND LIKELY REFLECTS ...DENSITY FOR THE FOLLOWING ATOMS WITHIN THE MAIN CHAIN IS RELATIVELY WEAK AND LIKELY REFLECTS INCREASED LOCAL CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF THE MAIN CHAIN IN THIS REGION. GLN A 31 CA ALA A 32 N ALA A 32 CA DENSITY FOR THE SIDE CHAINS OF THE LISTED RESIDUES IS RELATIVELY POORLY DEFINED. THE MODEL REPRESENTS THE MOST PROBABLE CONFORMATIONS FOR THESE RESIDUES BASED ON THE OBSERVED DENSITY. GLU A 20 GLU A 21 LYS A 28 LEU A 29 GLN A 31 ALA A 32 GLN A 33 LYS A 34 GLU A 112 GLU A 140 ARG A 141 LYS A 169 LYS A 173 ARG A 189 ARG A 198 GLU A 199 LYS A 213 LEU A 214 LYS A 215

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1962
ポリマ－25,1311
非ポリマー651
水1,11762
1
A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7858
ポリマ－100,5234
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation7_466y-1,x+1,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area15570 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.535, 68.535, 85.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細A tetramer constructed from the operations -y, -x, -z; y, x, -z; -1-x, 1-y, z is thought to exist in solution under physiological conditions.

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE


分子量: 25130.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YADF / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61517, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.009 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: ammonium sulfate, MES pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
212 mg/mlprotein1drop
320 mMTris-HCl1drop
4100 mM1dropNaCl
51.6-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 90500 / Num. obs: 13974 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I6O

1i6o


解像度: 2→42.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 334555.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1379 10.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 13653 94.7 %-
all-13958 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.43 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 1 62 1778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 223 10.2 %
Rwork0.191 1955 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.215 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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