[日本語] English
万見
- PDB-6yjn: Crystal structure of beta carbonic anhydrase from the pathogenic ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjn
タイトルCrystal structure of beta carbonic anhydrase from the pathogenic bacterium Burkholderia pseudomallei.
要素Beta carbonic anhydrase
キーワードLYASE / beta carbonic anhydrase / Burkholderia pseudomallei
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Angeli, A. / Ferraroni, M.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of a Tetrameric Type II beta-Carbonic Anhydrase from the Pathogenic BacteriumBurkholderia pseudomallei.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Pinteala, M. / Maier, S.S. / Simionescu, B.C. / Carta, F. / Del Prete, S. / Capasso, C. / Supuran, C.T.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3342
ポリマ－28,2691
非ポリマー651
水93752
1
A: Beta carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Beta carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Beta carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Beta carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3388
ポリマ－113,0764
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area13140 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.031, 88.031, 111.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

21A-432-

HOH

31A-435-

HOH

41A-439-

HOH

51A-451-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase / Carbonic anhydrase


分子量: 28269.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: can_1, can_2, BOC42_16450, CXQ84_19645, DF122_01465, ERS013345_01543, SAMEA1968934_03740
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069AXA0, UniProt: Q63Y17*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG 4000, 10% isopropanol, 100 mM HEPES pH 8.5 and 3% v/v 1,5-Diaminopentene di-HCl.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.49 Å / Num. obs: 7508 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.288 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 8.711 / Num. unique obs: 968 / CC1/2: 0.415 / Rpim(I) all: 2.059 / Rrim(I) all: 8.953

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless5.8.0258データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4rxy

4rxy


解像度: 2.7→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 22.437 / SU ML: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.859 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3223 387 5.2 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2192 7093 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.03 Å2 / Biso mean: 81.594 Å2 / Biso min: 49.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 1 52 1588
Biso mean--89.69 84.1 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0121569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.6132154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8745211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27322.91772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.72515197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.601157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021221
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 29 -
Rwork0.415 507 -
all-536 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る