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- PDB-3qxu: Free Structure of an Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft VHH Antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qxu
タイトルFree Structure of an Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft VHH Antibody
要素Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
キーワードIMMUNE SYSTEM / Camelid Single Domain Antibody / Heavy Chain Only / VHH / Antibody / Anti-Hapten Antibody / CDR / Hapten Binding / Small Molecule Sensing / Ligand Binding / Low Molecular Weight Compound / Methotrexate / CDR1 / CDR4
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Lama Glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Horn, J.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: An anti-hapten camelid antibody reveals a cryptic binding site with significant energetic contributions from a nonhypervariable loop.
著者: Fanning, S.W. / Horn, J.R.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月11日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
B: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
C: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
D: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,17712
ポリマ－54,8094
非ポリマー3688
水6,810378
1
A: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8404
ポリマ－13,7021
非ポリマー1383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
D: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6347
ポリマ－27,4042
非ポリマー2305
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7021
ポリマ－13,7021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
D: Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6347
ポリマ－27,4042
非ポリマー2305
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.087, 101.087, 156.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: 抗体
Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft


分子量: 13702.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama Glama (ラマ) / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5M Sodium Formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.946 Å / Num. obs: 91151 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 13 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.946 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.206 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21411 4193 5 %RANDOM
Rwork0.18187 ---
obs0.18345 -99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20.44 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3791 0 23 378 4192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0213969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.9355367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8115518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46522.5176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16815649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4131540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6281.52490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67123940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.67431479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8654.51412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 288 -
Rwork0.247 5857 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8686-0.29980.31221.3887-0.7071.45950.0140.0323-0.00320.03410.03590.03490.01670.0086-0.04990.0315-0.0126-0.01520.01110.00840.0099-40.3268.419510.3424
21.79440.4607-0.42130.75990.08861.5940.03920.05630.16130.0369-0.00880.0681-0.0255-0.0414-0.03050.0349-0.0154-0.00650.01150.01170.0261-25.239732.400713.5281
31.5970.51750.26711.2104-0.18751.9476-0.05510.2101-0.0943-0.18270.0258-0.04210.0460.05380.02930.0508-0.0179-0.00870.05040.00750.0248-35.750119.3665-14.0843
40.42180.1790.15511.61130.39031.6225-0.0084-0.0511-0.00840.12420.1324-0.14360.11230.0674-0.12410.02620.0129-0.00610.0329-0.03230.0477-31.857223.221538.1588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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