PDB-3qwo: Crystal structure of a motavizumab epitope-scaffold bound to mota...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qwo

タイトル

Crystal structure of a motavizumab epitope-scaffold bound to motavizumab Fab

要素

motavizumab epitope scaffold
motavizumab heavy chain
motavizumab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immune complex

機能・相同性

Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

McLellan, J.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Design and characterization of epitope-scaffold immunogens that present the motavizumab epitope from respiratory syncytial virus.
著者: McLellan, J.S. / Correia, B.E. / Chen, M. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Schief, W.R. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2011年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qwo.cif.gz	547.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qwo.ent.gz	458.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qwo_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qwo_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	3qwo_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	3qwo_validation.cif.gz	58.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lp1S 3ixtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s3d-3 3kr3-d 6was-2 4dtg-d 6s3d-2 4n9g-4 6s3d-1 5od6-d 5kn5-2 6i9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: motavizumab light chain

H: motavizumab heavy chain

B: motavizumab light chain

A: motavizumab heavy chain

C: motavizumab epitope scaffold

P: motavizumab epitope scaffold

ヘテロ分子

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: motavizumab light chain

H: motavizumab heavy chain

P: motavizumab epitope scaffold

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: motavizumab light chain

A: motavizumab heavy chain

C: motavizumab epitope scaffold

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.762, 74.425, 86.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CP

#3: タンパク質	motavizumab epitope scaffold 分子量: 6254.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHA

#1: 抗体	motavizumab light chain 分子量: 23150.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: humanized-mouse antibody / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	motavizumab heavy chain 分子量: 24284.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: humanized-mouse antibody / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 515分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20.5% (w/v) PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 73584 / Num. obs: 73143 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 3IXT, 1LP1

3ixt

1lp1

解像度: 1.9→36.836 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2306	3589	5.13 %	random
R_work	0.1875	-	-	-
all	0.1897	73697	-	-
obs	0.1897	69917	94.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.051 Å² / k_sol: 0.401 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6225 Å²	0 Å²	3.4157 Å²
2-	-	4.0244 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7362	0	27	509	7898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	10270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.586	2711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1310

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9293	0.332	102	0.2624	1932	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9293-1.9558	0.2559	122	0.2286	2187	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9558-1.9837	0.2307	122	0.2177	2274	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9837-2.0133	0.2501	130	0.2206	2472	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0133-2.0448	0.2754	131	0.2116	2422	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0448-2.0783	0.2698	137	0.2019	2460	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0783-2.1141	0.2456	146	0.1991	2489	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1141-2.1526	0.2283	158	0.1856	2490	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1526-2.194	0.2522	134	0.1799	2526	X-RAY DIFFRACTION	95
2.194-2.2387	0.204	130	0.1852	2540	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2387-2.2874	0.2415	130	0.1813	2595	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2874-2.3406	0.2649	147	0.1925	2560	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3406-2.3991	0.2518	143	0.1991	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3991-2.464	0.2433	148	0.1919	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
2.464-2.5365	0.2646	140	0.1943	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5365-2.6183	0.2239	148	0.1983	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6183-2.7119	0.2714	138	0.1946	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7119-2.8204	0.2324	129	0.1947	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8204-2.9487	0.266	147	0.1961	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9487-3.1041	0.248	124	0.1981	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1041-3.2985	0.2595	140	0.1904	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2985-3.553	0.2248	145	0.1835	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.553-3.9102	0.211	139	0.1758	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9102-4.4751	0.175	153	0.1518	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4751-5.635	0.2114	158	0.1645	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
5.635-36.8433	0.2256	148	0.2101	2727	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4565	-1.3467	-0.3025	2.1237	0.1704	0.5809	-0.0938	0.0548	-0.0934	-0.0098	0.142	-0.363	0.2279	0.0174	-0.0458	0.2417	-0.0004	0.0312	0.1778	-0.059	0.2689	-4.7182	-21.8439	23.8324
2	2.678	-0.1923	-0.1903	0.9164	0.4828	0.8672	-0.2539	-1.2742	-0.3788	0.0273	-0.0118	-0.2574	-0.0133	0.1433	0.2153	0.1183	0.0555	-0.0726	0.6887	-0.0414	0.6333	16.5395	-11.351	52.3211
3	2.0569	-1.0441	-0.106	1.1132	0.8532	1.6472	-0.0298	0.0308	-0.0726	0.0868	0.2269	-0.0479	0.3282	0.2064	-0.1614	0.2402	0.0448	-0.0385	0.1877	-0.0223	0.1579	5.0541	-20.7995	-18.4438
4	0.6554	-0.4769	0.1788	0.725	0.2373	0.9933	-0.0388	0.134	-0.146	0.0299	-0.0481	0.066	0.0166	0.4026	0.0339	0.1734	-0.0002	-0.0323	0.4962	-0.1313	0.3375	24.8725	-10.6275	10.6421
5	1.3884	0.5487	-0.2804	0.4396	0.3909	2.0859	0.0175	0.101	0.0666	0.0669	0.1112	-0.0153	-0.1738	-0.1701	-0.1262	0.1797	0.0148	0.0182	0.1564	0.0413	0.1409	-18.4848	-5.9223	31.4524
6	1.6331	-0.3966	-1.1771	1.8711	-0.3669	2.4407	0.3963	-0.2326	0.5995	-0.0943	-0.0221	-0.8213	-0.2344	0.5933	-0.3574	0.1132	-0.0795	0.0831	0.1627	-0.1581	0.4875	9.4399	0.8142	44.568
7	1.0463	0.1977	0.367	0.3516	0.627	2.1452	0.1	-0.0482	0.1507	0.0483	0.0139	0.0101	0.0306	-0.1894	-0.1157	0.16	0.0047	0.0192	0.1685	0.0295	0.1391	-10.0022	-5.9206	-10.8137
8	0.79	-0.424	1.1715	2.9462	-0.6059	2.8004	0.1065	0.436	0.3805	0.013	-0.2582	-0.6548	-0.4241	0.774	0.1975	0.2346	-0.1304	-0.0101	0.4198	0.0428	0.471	17.6212	1.8687	3.5202
9	0.4533	0.0733	-0.4057	0.4224	0.03	1.4169	-0.1223	0.9242	0.0658	-0.0737	0.0988	0.0768	0.0453	-0.6718	-0.0151	0.1786	-0.0544	-0.0041	0.7496	0.0587	0.2217	-29.23	-10.9037	7.2717
10	0.4895	-0.3527	0.1642	1.163	0.2807	2.1168	0.0615	0.3092	-0.0709	-0.0833	-0.0999	0.1899	-0.0658	-0.6418	0.004	0.1685	0.0268	-0.0277	0.3946	0.0243	0.2165	-19.8428	-11.4522	-35.2561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 1:109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 110:212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 1:109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 110:212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain H and resid 1:114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain H and resid 115:213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 1:114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 115:213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain P
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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