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- PDB-3qsv: Structural basis for DNA recognition by constitutive Smad4 MH1 dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsv
タイトルStructural basis for DNA recognition by constitutive Smad4 MH1 dimers
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MH1 / transcription factor / DNA binding / signaling / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by NODAL / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / : / : / Signaling by Activin / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / : / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly ...Signaling by NODAL / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / : / : / Signaling by Activin / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / : / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / RUNX2 regulates bone development / : / regulation of binding / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / Signaling by BMP / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / somite rostral/caudal axis specification / tissue morphogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / atrioventricular valve formation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / activin responsive factor complex / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / positive regulation of luteinizing hormone secretion / regulation of hair follicle development / filamin binding / sebaceous gland development / : / SMAD protein complex / formation of anatomical boundary / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of transforming growth factor beta2 production / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / response to transforming growth factor beta / secondary palate development / cardiac septum development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / atrioventricular canal development / chromatin => GO:0000785 / neuron fate commitment / sulfate binding / endoderm development / outflow tract septum morphogenesis / SMAD protein signal transduction / Ub-specific processing proteases / positive regulation of BMP signaling pathway / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / neural crest cell differentiation / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / female gonad development / seminiferous tubule development / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / R-SMAD binding / uterus development / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / developmental growth / single fertilization / BMP signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ovarian follicle development / gastrulation / collagen binding / ERK1 and ERK2 cascade / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / kidney development / cellular response to glucose stimulus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / axon guidance / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of cell growth / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / regulation of cell population proliferation / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / in utero embryonic development / cell population proliferation / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.708 Å
データ登録者Baburajendran, N. / Jauch, R. / Zhen, C.T.Y. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for DNA recognition by constitutive Smad4 MH1 dimers
著者: Baburajendran, N. / Jauch, R. / Zhen, C.T.Y. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Mothers against decapentaplegic homolog 4
D: Mothers against decapentaplegic homolog 4
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,94412
ポリマ－79,6828
非ポリマー2624
水1629
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
D: Mothers against decapentaplegic homolog 4
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9726
ポリマ－39,8414
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
2
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Mothers against decapentaplegic homolog 4
G: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9726
ポリマ－39,8414
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.357, 35.354, 139.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23G
14F
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROSERSERchain AAA10 - 1382 - 130
21PROPROSERSERchain BBB10 - 1382 - 130
12ASNASNVALVALchain CCC13 - 1365 - 128
22SERSERVALVALchain DDD12 - 1364 - 128
13DTDTDADAchain EEE1000 - 10151 - 16
23DTDTDADAchain GGG1000 - 10151 - 16
14DTDTDADAchain FFF2000 - 20151 - 16
24DTDTDADAchain HHH2000 - 20151 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Mothers against decapentaplegic homolog 4 / Smad4


分子量: 15022.306 Da / 分子数: 4 / 断片: smad4 MH1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smad4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97471
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthetically manufactured
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 200mM MgCl2, 100mM Tris, 30% PEG 4000, 10mM spermine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 24301 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 68.38 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.708→24.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 1156 5.11 %random
Rwork0.2123 ---
obs0.2153 22643 92.74 %-
all-24301 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.959 Å2 / ksol: 0.253 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 383.88 Å2 / Biso mean: 91.1948 Å2 / Biso min: 22.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6453 Å20 Å21.4397 Å2
2---3.5316 Å20 Å2
3---1.8863 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.708→24.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4076 1312 4 9 5401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9267874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6942170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1034X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
12B1034X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
21C1001X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
22D1001X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
31E328X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
32G328X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
41F328X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
42H328X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7077-2.83080.39811220.31682306X-RAY DIFFRACTION82
2.8308-2.97980.35431500.28042644X-RAY DIFFRACTION92
2.9798-3.16610.29531370.22632680X-RAY DIFFRACTION94
3.1661-3.410.28671420.22722631X-RAY DIFFRACTION92
3.41-3.75210.29041530.21362784X-RAY DIFFRACTION96
3.7521-4.29270.25561380.19362738X-RAY DIFFRACTION94
4.2927-5.39920.23081590.1862704X-RAY DIFFRACTION93
5.3992-24.89150.24731550.18533000X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88750.6222-0.34771.11591.14495.87860.2374-0.1284-0.16770.0543-0.12380.22780.7240.1487-0.10080.442-0.05520.00520.0135-0.03380.183930.31566.5868-56.7196
22.8036-0.06270.15780.6941-0.75275.32940.0657-0.0428-0.1813-0.00570.0862-0.0944-0.6849-0.1651-0.16150.5971-0.03360.07660.1210.03480.2266-21.83422.5045-57.8606
33.30460.834-0.41372.3974-1.35770.7789-0.0386-1.3624-0.11960.47830.32530.3828-0.12-0.5291-0.29960.297-0.0870.04371.33050.31730.2384-14.668413.1366-15.3281
44.4084-1.08170.74432.78960.29280.5-0.0429-1.62470.19640.62990.3127-0.03950.1732-0.21-0.230.401-0.12570.0331.2342-0.24760.189720.868518.6758-15.4351
59.68998.1462-0.34279.67222.44295.71970.0416-2.16770.6519-0.5112-0.67450.55720.20170.24630.34960.1263-0.135-0.0030.4732-0.07290.43725.689411.9928-34.4068
69.86062.0982-1.30763.56881.27451.5692-0.6991-1.1317-1.0127-0.57720.3252-0.5559-0.11660.27620.24910.4646-0.25190.1060.3932-0.08580.441425.806311.0192-36.9435
78.43227.77580.85239.36780.70082.28360.2557-2.6934-0.884-0.6573-0.6551-0.4782-0.1068-0.2920.14740.3595-0.23340.01210.56910.19220.5705-18.59217.9284-34.8264
89.90514.73171.91136.34040.5611.1093-0.8454-1.5743-0.1554-0.93180.52790.2510.0942-0.12620.07330.4076-0.2248-0.00970.40040.07810.2818-18.601518.7881-37.4529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:138)A10 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 10:138)B10 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 13:136)C13 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 12:136)D12 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 1000:1015)E1000 - 1015
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 2000:2015)F2000 - 2015
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 1000:1015)G1000 - 1015
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 2000:2015)H2000 - 2015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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