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万見
- PDB-3qsc: The first crystal structure of a human telomeric G-quadruplex DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsc
タイトルThe first crystal structure of a human telomeric G-quadruplex DNA bound to a metal-containing ligand (a copper complex)
要素5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
キーワードDNA / Parallel / telomere / quadruplex / drug / metal complex / copper complex
機能・相同性Chem-CUF / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Campbell, N.H. / Abd Karim, N.H. / Parkinson, G.N. / Vilar, R. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular basis of structure-activity relationships between salphen metal complexes and human telomeric DNA quadruplexes.
著者: Campbell, N.H. / Karim, N.H. / Parkinson, G.N. / Gunaratnam, M. / Petrucci, V. / Todd, A.K. / Vilar, R. / Neidle, S.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6245
ポリマ－3,8381
非ポリマー7864
水48627
1
X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子

X: 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,24810
ポリマ－7,6772
非ポリマー1,5718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area4850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.753, 54.786, 33.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2013-

K

21X-2014-

K

31X-2015-

K

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3'


分子量: 3838.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CUF / [2,2'-{(4,5-difluorobenzene-1,2-diyl)bis[(nitrilo-kappaN)methylylidene]}bis{5-[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]phenolato-kappaO}(2-)]copper (II) / N,N-Bis[4-[[1-(2-ethyl)piperidine]oxy]salicylidene]-4,5-difluoro-1,2-phenylenediamine-Copper (II)


分子量: 668.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38CuF2N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Initial conditions were 0.6 mM quadruplex DNA, 0.6 mM ligand, 0.4% PEG 2000 (w/v), 100mM potassium chloride, 100mM sodium chloride, 100mM lithium sulphate, 20mM potassium cacodylate, ...詳細: Initial conditions were 0.6 mM quadruplex DNA, 0.6 mM ligand, 0.4% PEG 2000 (w/v), 100mM potassium chloride, 100mM sodium chloride, 100mM lithium sulphate, 20mM potassium cacodylate, equilibrated against a reservoir well solution of 60% PEG 2000 (w/v), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.90740, 0.92060, 0.92110
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.90741
20.92061
30.92111
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 3.4 / 数: 6416 / Rsym value: 0.101 / D res high: 2.352 Å / D res low: 23.805 Å / Num. obs: 1774 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.4423.8196.610.030.033.1
5.267.4498.410.0510.0513.1
4.295.2698.110.0610.0613.5
3.724.2998.610.0740.0743.6
3.333.7299.110.1070.1073.7
3.043.3399.410.1770.1773.7
2.813.0410010.2140.2143.8
2.632.8199.810.2730.2733.8
2.482.6399.810.3560.3563.8
2.352.4899.810.4180.4183.6
反射解像度: 2.254→21.188 Å / Num. all: 2020 / Num. obs: 2020 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.25-2.382.60.0958.17012710.09591.5
2.38-2.524.20.06211.811742820.06299.9
2.52-2.694.30.0441510802540.044100
2.69-2.914.20.03916.210162430.039100
2.91-3.194.10.03116.29402270.031100
3.19-3.564.10.03214.38061990.03298.8
3.56-4.1240.02819.87371850.02899.8
4.12-5.043.70.03615.86071620.03699.6
5.04-7.133.40.0317.34281270.0398.8
7.13-21.8763.10.03118.5220700.03190.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1K8P

1k8p


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2684 / WRfactor Rwork: 0.2426 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.7823 / SU B: 8.628 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.4643 / SU Rfree: 0.2498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 77 4.6 %RANDOM
Rwork0.2132 ---
obs0.2142 1687 99.06 %-
all-1687 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.48 Å2 / Biso mean: 35.2997 Å2 / Biso min: 13.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 231 48 27 306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5593476
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8473312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.314.5476
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 6 -
Rwork0.337 107 -
all-113 -
obs-107 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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