PDB-3qpx: Crystal structure of Fab C2507

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qpx

タイトル

Crystal structure of Fab C2507

要素

Fab C2507 heavy chain
Fab C2507 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / mouse IL-17A

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, O. / Malia, T. / Gilliland, G.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Fab C2507
著者: Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, O. / Malia, T. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2011年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qpx.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qpx.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qpx_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qpx_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	3qpx_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3qpx_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t4k-1 4g6a-1 5dqd-d 1ruk-d 2hwz-d 1mju-d 5mv3-4 1bfo-1 5mv3-5 4jo4-1 4xgz-12 1h3p-d 1rum-d 5mv3-6 4o4y-d 6rlm-1 6dwa-2 6rlm-6 3ijy-1 1s5i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab C2507 light chain

H: Fab C2507 heavy chain

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.150, 87.050, 100.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Fab C2507 light chain 分子量: 23575.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Rattus norvegicus / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab C2507 heavy chain 分子量: 24224.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Rattus norvegicus / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 450分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.9 M (NH4)2SO4, 50 mM CdCl2, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月7日 / 詳細: Osmic VariMax
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→66 Å / Num. all: 35233 / Num. obs: 35233 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.098

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.525 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2639	1753	4.99 %	Random
R_work	0.2246	-	-	-
obs	0.2266	35106	96.69 %	-
all	-	35106	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 76.696 Å² / k_sol: 0.417 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1221 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.586 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4639 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3360	0	122	422	3904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	4824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.776	1246
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	607

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0541	0.3647	122	0.2916	2494	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0541-2.1145	0.3098	117	0.2659	2509	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1145-2.1828	0.273	138	0.2445	2493	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1828-2.2608	0.2882	126	0.2374	2486	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2608-2.3513	0.3145	140	0.2498	2558	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3513-2.4583	0.3252	135	0.2533	2543	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4583-2.5879	0.311	135	0.261	2544	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5879-2.75	0.3542	151	0.255	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.9623	0.3207	133	0.2438	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9623-3.2603	0.2847	151	0.2246	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2603-3.7319	0.2398	120	0.1832	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7319-4.7009	0.189	149	0.1555	2616	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7009-43.5353	0.194	136	0.1942	2645	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.077	0.0389	-0.0853	1.0565	0.1585	0.6756	0.0017	0.0285	0.0298	-0.1301	0.0256	0.0349	-0.0598	-0.0316	-0.0394	0.2292	-0.0217	0.0003	0.2092	0.0063	0.2352	-1.4652	11.8485	-26.4653
2	0.5952	-0.2678	-0.0317	0.4022	0.3973	0.6725	0.0433	-0.1165	0.0426	-0.0068	0.0759	-0.1317	0.0143	0.0432	-0.1025	0.2767	0.0006	-0.0021	0.2961	-0.042	0.2655	-2.0197	30.8361	6.2119
3	0.1406	-0.423	-0.1333	1.3895	0.2718	0.6271	-0.0537	-0.0581	-0.0996	0.0312	0.0803	0.0942	0.1072	0.0693	0.0005	0.2479	0.0011	0.024	0.2445	0.0139	0.2588	-2.031	-6.0664	-12.2431
4	0.5753	-0.1874	-0.6257	0.5127	0.673	0.6711	0.0013	-0.1414	0.1104	0.2591	0.0444	0.024	0.1175	-0.0369	-0.0339	0.2965	-0.0045	-0.0014	0.288	-0.0086	0.2445	-9.5556	17.4912	6.2785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 1:108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 109:213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resid 1:119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resid 120:222

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

-
非ポリマー , 5種, 450分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-抗体 , 2種, 2分子 LH

-非ポリマー , 5種, 450分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

-
非ポリマー , 5種, 450分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)