PDB-3qny: Monoclinic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qny

タイトル

Monoclinic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG

要素

FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN
FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Trajtenberg, F. / Correa, A. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation
著者: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A.

履歴

登録	2011年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qny.cif.gz	332.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qny.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qny_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qny_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	3qny_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	3qny_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8oC 3qnxC 3qnzC 3qo1C 2eh7S 2fbjS 3qo0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w24-d 4dvb-1 5d7s-d 8fab-1 4d9l-3 3qg7-d 4yhm-d 6y49-d 1cr9-d 5t78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

B: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN

C: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

D: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

95.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

B: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

D: FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.300, 50.000, 99.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN 分子量: 24009.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB FRAGMENT OF IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN 分子量: 23506.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.2M potassium sulfate, 20% PEG 3350, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月11日

放射

モノクロメーター: Varimax-HF multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→27.5 Å / Num. all: 39517 / Num. obs: 39517 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 41.948 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.44

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.4	0.564	0.448	3.16	14719	4809	4385	0.527	91.2
2.4-2.6	0.4	0.323	4.3	25598	7552	7326	0.379	97
2.6-2.8	0.235	0.188	6.6	19506	5570	5435	0.221	97.6
2.8-3	0.138	0.122	9.76	14943	4196	4138	0.143	98.6
3-3.5	0.068	0.066	16.05	24437	6759	6677	0.078	98.8
3.5-4	0.041	0.048	22.72	13680	3799	3759	0.056	98.9
4-7.07	0.03	0.036	27.29	22931	6419	6354	0.042	99
7.07-10	0.029	0.035	29.66	3312	957	943	0.042	98.5
10-27.5	0.025	0.033	30.8	1665	545	500	0.039	91.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EH7 (for the light chains) and 2FBJ (for the heavy chains)

2eh7

2fbj

解像度: 2.3→18.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9315 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9132 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement was performed

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	1220	3.09 %	RANDOM
R_work	0.1868	-	-	-
all	0.1878	39455	-	-
obs	0.1878	39455	97.28 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.75 Å² / B_iso mean: 50.16 Å² / B_iso min: 15.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.0502 Å²	0 Å²	0.3168 Å²
2-	-	2.4517 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.5019 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.317 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6305	0	12	245	6562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2089	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	139	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	955	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6461	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	882	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7475	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6461	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8816	HARMONIC	2	1.24
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.91

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2687	84	3.19 %
R_work	0.2161	2553	-
all	0.2178	2637	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8694	-1.2376	1.4166	2.8785	-1.0353	3.817	-0.0021	-0.6827	-0.3899	0.407	-0.352	-0.44	0.0129	0.3554	0.3542	-0.3026	-0.0613	-0.0207	0.1393	0.1314	-0.1859	-42.8153	-19.2577	-9.2278
2	2.0903	-0.0349	-0.8652	1.086	-0.0989	1.2331	0.1598	0.0543	0.1301	-0.2532	-0.0443	-0.017	-0.1096	-0.2368	-0.1155	-0.027	0.0129	0.0407	-0.0932	0.0191	-0.0052	-46.0492	-7.8558	-44.7403
3	2.2074	-0.2729	-1.0956	1.9244	-0.302	4.8496	0.0585	-0.657	0.0172	0.2421	0.315	0.0411	-0.1945	0.2739	-0.3735	-0.2639	0.0081	0.0072	0.1595	-0.0235	-0.0814	-20.7265	-15.8099	-15.142
4	1.8705	0.6274	-0.3004	1.9567	-0.032	1.1706	0.2128	-0.1703	0.2846	0.0913	-0.1224	0.1577	-0.1862	-0.0861	-0.0905	-0.0418	-0.0227	0.0832	-0.124	-0.0232	0.0494	-35.7131	1.2106	-37.231
5	8.8013	-1.9171	-1.0796	2.6905	1.4082	3.7817	-0.0417	-0.3885	-0.0276	0.177	-0.3326	0.3453	-0.2272	-0.5776	0.3743	-0.3131	-0.0323	-0.0024	0.2055	-0.0612	-0.1967	-72.0701	-18.5924	-9.4189
6	2.2234	0.0452	0.6657	1.3204	0.1509	1.5354	0.1814	0.0104	-0.0935	-0.2153	-0.069	0.0453	0.1375	0.2238	-0.1124	-0.0703	0.0183	-0.0367	-0.1172	-0.0198	0.0384	-68.5001	-30.389	-44.599
7	0.8024	1.0128	0.2363	1.672	1.9097	5.6282	0.1082	-0.4531	-0.3443	0.2049	0.0337	0.0837	0.234	-0.3728	-0.1419	-0.3369	-0.0041	0.0045	0.1614	0.1198	-0.0011	-94.0347	-22.1554	-15.9593
8	2.0538	0.1201	0.5075	2.5459	-0.3583	1.3993	0.16	-0.1915	-0.2461	0.1594	-0.0691	-0.0931	0.1382	0.0583	-0.091	-0.0716	-0.0201	-0.0939	-0.1598	0.0168	0.1066	-79.3162	-39.4212	-37.1311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|114 }	A	2 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|115 - A\|219 }	A	115 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|3 - B\|119 }	B	3 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|120 - B\|221 }	B	120 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|1 - C\|114 }	C	1 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|115 - C\|219 }	C	115 - 219
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|4 - D\|119 }	D	4 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|120 - D\|221 }	D	120 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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