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万見
- PDB-3qjf: Crystal structure of the 2B4 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjf
タイトルCrystal structure of the 2B4 TCR
要素
  • 2B4 alpha chain
  • 2B4 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ely, L.K. / Newell, E.W. / Davis, M.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of specificity and cross-reactivity in T cell receptors specific for cytochrome c-I-E(k).
著者: Newell, E.W. / Ely, L.K. / Kruse, A.C. / Reay, P.A. / Rodriguez, S.N. / Lin, A.E. / Kuhns, M.S. / Garcia, K.C. / Davis, M.M.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2B4 alpha chain
B: 2B4 beta chain
C: 2B4 alpha chain
D: 2B4 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3234
ポリマ－101,3234
非ポリマー00
水4,035224
1
A: 2B4 alpha chain
B: 2B4 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6612
ポリマ－50,6612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
2
C: 2B4 alpha chain
D: 2B4 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6612
ポリマ－50,6612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.850, 93.850, 388.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 2B4 alpha chain


分子量: 22807.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 2B4 beta chain


分子量: 27854.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7
詳細: 20 % PEG3350, 0.1 M calcium chloride and Tris, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.587 Å / Num. all: 40602 / Num. obs: 40602 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.2 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.5314.50.73518367157540.73599.2
2.53-2.6814.50.5331.47970154820.53399.3
2.68-2.8714.50.3612.17455651400.36199.4
2.87-3.114.40.23536993448460.23599.5
3.1-3.3914.30.1574.46438644910.15799.6
3.39-3.7914.30.115.85834740770.1199.6
3.79-4.3814.10.0846.95154336500.08499.7
4.38-5.3713.90.0727.94371531410.07299.7
5.37-7.5913.50.0827.13377025080.08299.9
7.59-46.58712.20.0619.31846815130.06199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.587 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8156 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 2034 5.01 %
Rwork0.2096 --
obs0.212 40595 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.942 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.07 Å2 / Biso mean: 39.1734 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8279 Å20 Å2-0 Å2
2--3.8279 Å20 Å2
3----7.6558 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6817 0 0 224 7041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1689455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2022529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.48580.32521980.26063736393499
2.4858-2.58530.33982010.26453741394299
2.5853-2.7030.32811970.2633755395299
2.703-2.84540.33281930.23913803399699
2.8454-3.02370.29982070.22253780398799
3.0237-3.25710.24182300.20653792402299
3.2571-3.58480.26111980.20833833403199
3.5848-4.10320.22851950.19373905410099
4.1032-5.16850.19491910.16193980417199
5.1685-46.59560.27082240.225842364460100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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