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- PDB-3qiw: Crystal structure of the 226 TCR in complex with MCC-p5E/I-Ek -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qiw
タイトルCrystal structure of the 226 TCR in complex with MCC-p5E/I-Ek
要素
  • H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K alpha chain
  • MCC-p5E peptide
  • MHC CLASS II H2-IA-BETA CHAIN
  • TCR 226 alpha chain
  • TCR 226 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain / T cell receptor / MHC molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / MHC class II antigen presentation / immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / MHC class II antigen presentation / immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / mitochondrial intermembrane space / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / electron transfer activity / lysosome / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Cytochrome c, class IA/ IB / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Cytochrome c, class IA/ IB / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c / H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, E-B beta chain / MHC class II antigen IEk-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Manduca sexta (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kruse, A.C. / Ely, L.K. / Newell, E.W. / Davis, M.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of specificity and cross-reactivity in T cell receptors specific for cytochrome c-I-E(k).
著者: Newell, E.W. / Ely, L.K. / Kruse, A.C. / Reay, P.A. / Rodriguez, S.N. / Lin, A.E. / Kuhns, M.S. / Garcia, K.C. / Davis, M.M.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K alpha chain
B: MHC CLASS II H2-IA-BETA CHAIN
C: TCR 226 alpha chain
D: TCR 226 beta chain
E: MCC-p5E peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6067
ポリマ－97,1635
非ポリマー4422
水00
1
C: TCR 226 alpha chain

D: TCR 226 beta chain

A: H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K alpha chain
B: MHC CLASS II H2-IA-BETA CHAIN
E: MCC-p5E peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6067
ポリマ－97,1635
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area39400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.179, 71.624, 105.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 H-2 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, E-K alpha chain


分子量: 22361.051 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質 MHC CLASS II H2-IA-BETA CHAIN


分子量: 22972.594 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 29-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Eb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31163, UniProt: P04230*PLUS
#3: タンパク質 TCR 226 alpha chain


分子量: 22822.301 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 97-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Manduca sexta (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 TCR 226 beta chain


分子量: 27613.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 E

#5: タンパク質・ペプチド MCC-p5E peptide


分子量: 1393.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00039
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 15-20% PEG5000 MME, Bis tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→45 Å / Num. obs: 16259 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3QIU

3qiu


解像度: 3.3→36.69 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 835 5.14 %
Rwork0.212 --
obs0.215 16244 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.48 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.419 Å2-0 Å20.991 Å2
2---7.6606 Å20 Å2
3----22.1096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6230 0 28 0 6258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7578696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6592314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2953-3.50160.39631340.2912563X-RAY DIFFRACTION99
3.5016-3.77170.30231440.24962572X-RAY DIFFRACTION99
3.7717-4.15080.28371250.20342535X-RAY DIFFRACTION99
4.1508-4.75030.21041390.17312588X-RAY DIFFRACTION98
4.7503-5.98070.24251460.18432565X-RAY DIFFRACTION98
5.9807-36.6950.23711470.20622586X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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