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- PDB-6uhe: Closed-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhe
タイトルClosed-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055)
要素Ryanodine receptor 3
キーワードMETAL TRANSPORT / Type 3 Ryanodine Receptor / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol ...calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.892 Å
データ登録者Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Closed-form Crystal Structure of Human RYR Receptor 3 ( 848-1055)
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 3
B: Ryanodine receptor 3
C: Ryanodine receptor 3
D: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1154
ポリマ－97,1154
非ポリマー00
水37821
1
A: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2791
ポリマ－24,2791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2791
ポリマ－24,2791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2791
ポリマ－24,2791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2791
ポリマ－24,2791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.673, 64.673, 469.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Ryanodine receptor 3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ...RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ryanodine receptor


分子量: 24278.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RYR3, HBRR / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q15413
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Tris:HCl pH 8.5, 1.2 M Sodium Citrate Tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 24385 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 84.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-33.80.69411110.840.3910.80.76599.2
3-3.063.80.54911360.8980.3110.6330.77997.3
3.06-3.114.20.56611770.90.3050.6440.75199.5
3.11-3.184.20.4311400.9230.2290.4880.73199.5
3.18-3.254.30.38612160.9440.2050.4380.72599.5
3.25-3.324.10.28211040.9540.1530.3220.76599.5
3.32-3.414.20.23512200.9740.1260.2670.7199.2
3.41-3.54.10.1711130.9780.0920.1940.73898.7
3.5-3.64.10.13611770.9860.0740.1550.75198
3.6-3.723.80.10411160.9860.0590.120.73797.8
3.72-3.8540.0911540.9870.0490.1030.73797.9
3.85-44.20.07911630.9890.0420.090.72999
4-4.194.20.06711450.9920.0360.0760.69998.9
4.19-4.414.10.05411760.9920.0290.0620.71398.9
4.41-4.6840.04711700.9920.0260.0540.64798.7
4.68-5.043.70.04111180.9880.0230.0470.55495.1
5.04-5.554.30.04311480.9910.0230.0490.55998.4
5.55-6.354.20.04111570.9910.0220.0470.47298.2
6.35-840.03811560.9910.0210.0430.48197.3
8-5040.04511380.9860.0250.0520.97993.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1-2575_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.892→32.34 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3016 1235 5.06 %
Rwork0.2538 --
obs0.2561 24385 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 224.2 Å2 / Biso mean: 118.6869 Å2 / Biso min: 50.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.892→32.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6689 0 0 21 6710
Biso mean---92.14 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9389270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.522663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8921-3.00780.39231370.358255398
3.0078-3.14460.30891660.3509252899
3.1446-3.31020.37721680.32082574100
3.3102-3.51740.4721420.3048258499
3.5174-3.78860.30451130.2866262399
3.7886-4.16910.31441330.2519258199
4.1691-4.77070.2711080.2242259399
4.7707-6.00430.31231370.2563256898
6.0043-32.3360.23781310.2115254697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.73091.78185.16550.41920.92722.7241-0.4183-0.74650.7314-0.57540.48480.3424-0.72110.1618-0.36711.147-0.7207-0.09931.4518-0.14591.148919.272320.166614.0726
22.992-0.81920.84784.22332.73686.2509-0.382-0.4817-0.36580.1850.4721-0.0844-0.29530.6944-0.19640.5799-0.2434-0.05741.35110.2270.860122.572223.871938.095
30.35210.1465-0.89412.5837-2.62334.26310.06690.95890.10680.48651.04770.1636-0.13050.4685-1.04510.7409-0.6264-0.11761.5990.01731.041725.137320.991223.6811
41.8081-1.49063.18422.7504-2.07155.8683-0.34252.41611.16120.351-0.357-0.6917-0.21881.7330.29990.86-0.58820.05662.67230.18681.331540.589829.017420.2976
56.6647-6.2699-1.36726.29622.46434.1577-0.4579-0.49071.11590.10051.5773-1.1923-0.08951.0051-0.82261.105-0.4038-0.22251.3675-0.1810.884930.229832.629943.7311
62.6552-1.6186-0.66530.80610.82561.6529-0.28550.01830.6001-0.24970.06560.2494-0.2540.84810.23661.3881-0.6676-0.13311.34690.11020.952922.093831.856221.7217
79.1666-5.33592.92592.0203-0.61145.4712-0.6858-1.3399-1.02641.3036-0.51451.3260.1414-0.42340.50741.9458-1.14710.02651.68220.21780.93342.119124.360429.1468
82.9023-1.62120.08511.07650.89263.3531-0.2564-0.0312-0.02650.7259-0.27670.15520.32320.05340.29821.1063-0.69750.151.6210.09570.884.765228.283625.8539
90.1202-0.18810.1424-0.0077-0.3082.2158-0.14550.60460.834-0.1271-0.1033-0.2404-0.86760.67270.02141.363-0.8445-0.04281.5960.02161.091926.598134.600123.3136
103.40180.5003-0.21885.49640.2855.29420.8398-1.29970.96890.2207-0.71050.4239-1.73650.60240.04511.2521-0.67550.06851.1911-0.25390.885414.710524.14120.2789
110.64580.37171.37793.85191.30153.2862-0.37420.13070.8048-0.8532-0.37061.2087-1.5543-0.65970.39681.23020.1384-0.17430.7872-0.11220.9903-3.028916.9912-12.9589
122.8254-1.8771.61323.01341.60284.73210.0182-0.87131.46810.5139-0.93991.1987-0.6845-1.32530.48212.09840.3812-0.21481.5188-0.46921.4521-9.864219.6942-12.1635
139.44230.46650.08292.2921-0.1275.6320.2421-2.07580.6284-0.4794-0.1007-0.4408-2.11840.1225-0.0041.4194-0.3987-0.07590.6888-0.05250.80128.03523.5811-6.0137
144.29880.7592-0.41883.91360.1054.0323-0.8630.26851.0541-1.64540.19410.3655-1.42490.3480.26591.4783-0.04110.00810.7414-0.20980.89575.604114.2961-21.5369
157.3-0.95531.92375.309-0.67375.18570.08720.1757-0.2132-1.1570.190.6431-0.0130.88080.15340.9092-0.35070.02120.7881-0.02560.784913.40616.0665-17.5171
164.62880.4719-0.41883.6760.74625.2748-0.4608-0.7096-0.13810.0861-0.46531.76891.289-1.19730.61131.0898-0.39870.08881.0431-0.15781.10465.561113.86263.6483
175.2455-1.3285-1.40968.73960.32426.1480.1536-0.0169-0.3287-0.1516-1.58762.08071.0062-1.62091.20921.1809-0.46830.08811.7333-0.40021.3352-1.631910.48938.1831
184.8763-2.62831.27464.59034.06627.6098-0.66720.2499-1.25460.36620.41130.41631.094-1.23160.19291.1323-0.31850.0650.7726-0.11610.9538.7927.9034-7.3329
190.9713-0.98072.89692.0709-2.58638.5003-0.9280.0329-0.8668-0.72030.0962-0.71830.30430.20230.62271.183-0.45140.13821.2418-0.16321.38121.243615.4845-14.1924
201.4518-1.25451.97321.2615-0.94693.18950.5445-0.85340.0675-0.2115-0.626-0.45371.0855-0.83650.00130.9166-0.6253-0.03991.4337-0.07420.9831.6952-9.671912.9621
211.61541.49413.39996.58171.14787.99590.5067-0.30841.0021-0.7978-0.1292-0.68490.90180.98990.31311.0437-0.21670.21081.3731-0.05960.997136.53330.1698-6.8438
223.24510.23061.02950.6499-1.92715.55880.1735-0.5733-0.0530.1248-0.5974-0.8263-0.45380.52620.23811.001-0.29680.10271.129-0.15190.790435.5568-8.67335.1991
231.87562.53831.71843.50672.58872.0303-0.294-0.1064-2.0751-0.0498-0.94641.20470.4813-0.9060.53640.9424-1.4470.49482.3391-0.16181.700318.4497-19.612117.0157
245.8507-0.4197-2.84558.87920.44685.95810.4906-1.0875-0.4056-1.0362-0.8721.577-0.1104-0.89260.04370.9287-0.1581-0.18611.2801-0.23760.834522.3912-8.5489-6.4831
25-0.1010.22730.53593.96750.17741.7933-0.0017-0.93451.1093-0.1919-0.31590.4690.41010.0650.30210.6948-0.30080.05241.8581-0.05151.061929.6555-0.220315.4013
261.3469-0.51170.29177.1971-0.4636.49930.42110.62831.071-0.3343-0.6623-0.1302-0.024-0.09830.20350.8171-0.42720.04251.54920.00230.760938.005610.022811.8609
272.32822.68890.58546.13130.61331.5335-0.3348-0.12920.2249-0.5020.57311.1852-0.4242-1.3292-0.14070.7064-0.311-0.00122.2918-0.09180.998222.0094-2.793113.013
284.9509-1.81143.17230.6331-1.10672.0019-0.4681-0.43911.0907-0.2921-0.71521.1081-0.5426-2.67270.8146-0.7057-3.79451.06832.73091.16560.952819.0681-15.139522.5346
293.6191-0.88263.19350.95690.56525.1993-0.0396-0.1037-0.5671-0.4978-0.49050.5201-0.2443-0.54840.23691.9117-0.3184-0.24580.61740.01781.0074-13.1467-23.344-44.3174
304.3113-0.42721.88533.35132.8023.88370.1459-1.0240.39960.3496-0.63911.7471-0.3046-2.22870.41260.8683-0.0860.03581.1398-0.20720.8502-16.1671-8.6601-26.568
317.4376-0.3889-0.58894.40273.98917.7388-0.7473-0.3567-0.1405-0.7848-0.52291.5121-1.3306-0.70430.9430.9840.2575-0.27151.8375-0.51591.2866-21.9689-1.344-27.5204
324.7105-0.55562.20162.22511.83257.3735-0.0111-0.28880.5624-0.538-0.19950.34050.0323-0.42470.31120.9933-0.2256-0.08610.5574-0.00910.8821-8.7904-12.1667-32.9702
334.12390.3222-4.7240.0068-0.34675.56980.0880.6092-1.24260.6726-0.6805-0.7628-0.32270.83010.6531.3344-0.222-0.47121.23360.16581.2596-1.4284-26.78-27.9445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 848 through 862 )A848 - 862
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 863 through 914 )A863 - 914
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 915 through 933 )A915 - 933
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 934 through 945 )A934 - 945
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 946 through 967 )A946 - 967
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 968 through 1000 )A968 - 1000
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1001 through 1010 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1011 through 1026 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1027 through 1054 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 848 through 866 )B848 - 866
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 867 through 896 )B867 - 896
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 897 through 912 )B897 - 912
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 913 through 933 )B913 - 933
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 934 through 967 )B934 - 967
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 968 through 976 )B968 - 976
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 977 through 1009 )B977 - 1009
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1010 through 1026 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1027 through 1046 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 1047 through 1053 )B0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 847 through 886 )C847 - 886
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 887 through 896 )C887 - 896
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 897 through 932 )C897 - 932
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 933 through 947 )C933 - 947
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 948 through 967 )C948 - 967
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 968 through 1009 )C968 - 1009
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 1010 through 1026 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 1027 through 1047 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 1048 through 1054 )C0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 848 through 862 )D848 - 862
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 863 through 896 )D863 - 896
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 897 through 912 )D897 - 912
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 913 through 1046 )D913 - 1046
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 1047 through 1055 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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