[日本語] English
万見
- PDB-3sy1: Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Gen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sy1
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR70
要素UPF0001 protein yggS
キーワードpyridoxal phosphate binding / Engineered Protein / Structural Genomics / PSI-biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphate binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein family UPF0001 signature. / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Pyridoxal phosphate homeostasis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.465 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Nivon, L. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Baker, D. / Everett, J.K. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Nivon, L. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Baker, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR70
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Nivon, L. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Baker, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Nivon, L. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Baker, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UPF0001 protein yggS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3425
ポリマ－26,9671
非ポリマー3754
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.715, 61.695, 83.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,29.01 kD,98.5%

-
要素

#1: タンパク質 UPF0001 protein yggS


分子量: 26966.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yggS, b2951, JW2918 / 参照: UniProt: P67080
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Manganese sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. all: 48784 / Num. obs: 46540 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 10.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 4762 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1w8g

1w8g


解像度: 1.465→34.501 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.91 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2319 5.03 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.165 46117 95.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.444 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.75 Å2 / Biso mean: 14.104 Å2 / Biso min: 3.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.058 Å20 Å2-0 Å2
2--1.101 Å2-0 Å2
3----1.159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.465→34.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 24 374 2150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1292481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.685690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.465-1.4950.231290.2042559268896
1.495-1.5280.2141690.17726132782100
1.528-1.5630.1851490.1526392788100
1.563-1.6020.1841260.12626922818100
1.602-1.6450.1551480.12226382786100
1.645-1.6940.1611400.12226782818100
1.694-1.7480.1711430.11726652808100
1.748-1.8110.1851370.12326742811100
1.811-1.8830.1831510.1562542269396
1.883-1.9690.2811270.242519264694
1.969-2.0730.1921270.1582680280799
2.073-2.2030.181400.1592648278898
2.203-2.3730.173980.1641830192868
2.373-2.6120.1581390.15927272866100
2.612-2.9890.1891370.16527442881100
2.989-3.7660.1971320.1692174230680
3.766-34.5110.21270.1822776290395

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る