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- PDB-6kzw: Crystal structure of YggS family pyridoxal phosphate-dependent en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kzw
タイトルCrystal structure of YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme PipY from Fusobacterium nucleatum
要素Pyridoxal phosphate homeostasis protein
キーワードPROTEIN BINDING / Fusobacterium nucleatum / YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme / PipY / PLP-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein family UPF0001 signature. / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Pyridoxal phosphate homeostasis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Chen, Y. / Wang, L. / Shang, F. / Lan, J. / Liu, W. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme PipY from Fusobacterium nucleatum
著者: Chen, Y. / Wang, L. / Shang, F. / Lan, J. / Liu, W. / Xu, Y.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22021年1月13日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / refine
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
B: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
C: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9226
ポリマ－78,6373
非ポリマー2853
水10,449580
1
A: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3072
ポリマ－26,2121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
2
B: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3072
ポリマ－26,2121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
3
C: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3072
ポリマ－26,2121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.929, 146.375, 74.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.355, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Pyridoxal phosphate homeostasis protein / PLP homeostasis protein


分子量: 26212.266 Da / 分子数: 3 / 変異: T5A, N202S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)
遺伝子: RO03_02185 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A117MW82, UniProt: Q8RFW9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 20% w/v polyethylene glycol 4,000 0.1 M Sodium acetate trihydrate(pH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 47064 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.37 Å2 / Rsym value: 0.271 / Net I/σ(I): 27.13
反射 シェル解像度: 2.08→2.12 Å / Num. unique obs: 1000 / Rsym value: 0.271

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→37 Å / SU ML: 0.2254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.7369
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1980 4.26 %
Rwork0.1726 --
obs0.1745 46438 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5406 0 15 580 6001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00855549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92167438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.79734903
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.25191270.18082789X-RAY DIFFRACTION84.45
2.13-2.190.24011320.18533050X-RAY DIFFRACTION92.23
2.19-2.250.26011450.18593089X-RAY DIFFRACTION93.96
2.25-2.330.2551300.18633130X-RAY DIFFRACTION95.21
2.33-2.410.25811430.17843131X-RAY DIFFRACTION95.73
2.41-2.510.24891470.17533184X-RAY DIFFRACTION96.11
2.51-2.620.25081300.17593177X-RAY DIFFRACTION96.67
2.62-2.760.22281470.18323224X-RAY DIFFRACTION97.09
2.76-2.930.24551340.18233259X-RAY DIFFRACTION97.61
2.93-3.160.21571470.17923228X-RAY DIFFRACTION98.17
3.16-3.470.24071450.16583275X-RAY DIFFRACTION99.53
3.47-3.980.18861470.15533292X-RAY DIFFRACTION99.88
3.98-5.010.15111480.14753316X-RAY DIFFRACTION99.63
5.01-370.2241580.19493314X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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