PDB-3qij: Primitive-monoclinic crystal structure of the FERM domain of prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qij

タイトル

Primitive-monoclinic crystal structure of the FERM domain of protein 4.1R

要素

Protein 4.1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphatidylinositol binding / regulation of intestinal absorption / spectrin-associated cytoskeleton / actomyosin structure organization / Neurexins and neuroligins / cortical actin cytoskeleton organization / intercellular bridge / spectrin binding / cortical cytoskeleton / regulation of calcium ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Zhong, N. / Tong, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Primitive-monoclinic crystal structure of the FERM domain of protein 4.1R
著者: Nedyalkova, L. / Zhong, N. / Tong, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.

履歴

登録	2011年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qij.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qij.ent.gz	189.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qij_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qij_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	3qij_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	3qij_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gg3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oni-d 5nhl-d 6fxp-2 6pqb-3 6q90-1 3vrq-1 2wy6-2 3mtl-d 2be4-d 3pwd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein 4.1

B: Protein 4.1

68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein 4.1

ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein 4.1

ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.001, 53.469, 88.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Protein 4.1 / P4.1 / 4.1R / Band 4.1 / EPB4.1 分子量: 34431.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPB41, E41P / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P11171
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M magnesium chloride, 1% w/w dispase-I, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98322 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 51901 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	3.5	0.989	2509	0.791	97.1
1.83-1.86	3.7	0.835	2566	0.799	100
1.86-1.9	3.7	0.652	2598	0.839	100
1.9-1.94	3.7	0.525	2607	0.886	100
1.94-1.98	3.7	0.418	2570	0.911	100
1.98-2.03	3.7	0.331	2573	0.912	100
2.03-2.08	3.7	0.264	2579	0.93	100
2.08-2.13	3.7	0.221	2613	0.997	100
2.13-2.2	3.7	0.176	2552	0.98	100
2.2-2.27	3.7	0.148	2620	1.104	100
2.27-2.35	3.7	0.123	2576	1.009	100
2.35-2.44	3.7	0.114	2591	1.116	99.9
2.44-2.55	3.7	0.085	2596	1.034	100
2.55-2.69	3.7	0.075	2612	1.11	100
2.69-2.86	3.7	0.066	2579	1.243	99.7
2.86-3.08	3.6	0.048	2612	1.336	100
3.08-3.39	3.6	0.036	2614	1.303	100
3.39-3.88	3.5	0.026	2630	1.228	100
3.88-4.88	3.6	0.023	2633	1.182	99.9
4.88-50	3.6	0.024	2671	1.134	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1gg3

1gg3

解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.195 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. The programs coot, buccaneer, arp/warp were used during refinement as well as the molprobity server.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2615	2029	3.927 %	thin shells (SFTOOLS)
R_work	0.2067	-	-	-
obs	0.209	51670	99.747 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.04 Å² / B_iso mean: 25.977 Å² / B_iso min: 13.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	0 Å²	0.056 Å²
2-	-	1.283 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.164 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4277	0	19	220	4516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.962	5976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	3	7186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.022	5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.414	24.225	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.965	15	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.037	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.855	1.5	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.222	1.5	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.533	2	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.262	3	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.423	4.5	1608

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847		0	0.362	3794	3804	99.737
1.847-1.897	0.322	256	0.302	3417	3680	99.81
1.897-1.952		0	0.266	3597	3601	99.889
1.952-2.012	0.304	223	0.239	3256	3482	99.914
2.012-2.077	0.279	230	0.226	3160	3398	99.765
2.077-2.15		0	0.214	3300	3305	99.849
2.15-2.23	0.289	173	0.205	2973	3150	99.873
2.23-2.321	0.259	176	0.205	2885	3069	99.739
2.321-2.424	0.29	145	0.207	2779	2931	99.761
2.424-2.541		0	0.202	2793	2799	99.786
2.541-2.677	0.281	137	0.212	2518	2660	99.812
2.677-2.838	0.256	127	0.232	2389	2527	99.565
2.838-3.032	0.267	111	0.221	2274	2386	99.958
3.032-3.273	0.263	97	0.208	2126	2227	99.82
3.273-3.581	0.21	74	0.194	1976	2054	99.805
3.581-3.996	0.215	72	0.172	1781	1855	99.892
3.996-4.601	0.224	91	0.156	1562	1657	99.759
4.601-5.602	0.267	36	0.171	1385	1425	99.719
5.602-7.788	0.303	66	0.227	1050	1119	99.732
7.788-30	0.249	15	0.201	626	672	95.387

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4976	0.7997	1.2145	1.5321	1.4431	3.1928	0.0529	-0.057	0.1497	0.0273	-0.101	0.0955	-0.1087	-0.1855	0.0481	0.0529	-0.0086	0.0483	0.0896	-0.0138	0.1037	14.7028	4.0261	79.0759
2	0.9665	0.0972	0.4281	1.2372	0.8645	2.7027	-0.0847	0.1956	-0.0214	-0.0997	0.0783	-0.0305	0.0297	0.1755	0.0063	0.0357	-0.0122	0.0281	0.0819	0.0122	0.0724	34.6911	-12.848	50.7994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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