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- PDB-3qbv: Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbv
タイトルStructure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin
要素
  • Cell division control protein 42 homolog
  • Intersectin-1
キーワードPROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN / Computationally designed / orthogonal interaction / GTPase / nucleotide exchange / cell membrane / GTP-binding / lipoprotein / membrane / methylation / nucleotide-binding / prenylation / cell junction / cell projection / endocytosis / phosphoprotein / SH3 domain / synapse / synaptosome / protein binding-signaling protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / Cdc42 protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / Cdc42 protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / apolipoprotein A-I receptor binding / neuron fate determination / GTP-dependent protein binding / modulation by host of viral process / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / cardiac conduction system development / Inactivation of CDC42 and RAC1 / establishment of Golgi localization / regulation of filopodium assembly / leading edge membrane / positive regulation of intracellular protein transport / neuropilin signaling pathway / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / dendritic spine morphogenesis / regulation of modification of postsynaptic structure / regulation of stress fiber assembly / thioesterase binding / embryonic heart tube development / RHO GTPases activate KTN1 / proline-rich region binding / regulation of lamellipodium assembly / nuclear migration / adherens junction organization / DCC mediated attractive signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / sprouting angiogenesis / CD28 dependent Vav1 pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of filopodium assembly / endosomal transport / regulation of postsynapse organization / regulation of mitotic nuclear division / NRAGE signals death through JNK / RHOV GTPase cycle / phagocytosis, engulfment / establishment or maintenance of cell polarity / intracellular vesicle / heart contraction / positive regulation of cytokinesis / Myogenesis / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / exocytosis / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / spindle midzone / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / phagocytic vesicle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / clathrin-coated pit / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / RAC1 GTPase cycle / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / small monomeric GTPase / secretory granule / positive regulation of DNA replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / filopodium / actin filament organization / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / RHO GTPases Activate Formins / FCGR3A-mediated phagocytosis / positive regulation of JNK cascade / EGFR downregulation / MAPK6/MAPK4 signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse / recycling endosome / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / Cdc42 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / Cdc42 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division control protein 42 homolog / Intersectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kapp, G.T. / Remenyi, A. / Lim, W.A. / Kortemme, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Control of protein signaling using a computationally designed GTPase/GEF orthogonal pair.
著者: Kapp, G.T. / Liu, S. / Stein, A. / Wong, D.T. / Remenyi, A. / Yeh, B.J. / Fraser, J.S. / Taunton, J. / Lim, W.A. / Kortemme, T.
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32012年4月25日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 42 homolog
B: Intersectin-1
C: Cell division control protein 42 homolog
D: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9286
ポリマ－121,0424
非ポリマー8862
水2,072115
1
A: Cell division control protein 42 homolog
B: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9643
ポリマ－60,5212
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
2
C: Cell division control protein 42 homolog
D: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9643
ポリマ－60,5212
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.460, 80.062, 94.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 1229:1443 or resseq 1450:1469 or resseq 1562:1578 )
211chain 'D' and (resseq 1229:1443 or resseq 1450:1469 or resseq 1562:1578 )
112chain 'A' and (resseq 1:29 or resseq 31:178 )
212chain 'C' and (resseq 1:29 or resseq 31:178 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 42 homolog / G25K GTP-binding protein


分子量: 19784.725 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-178 / 変異: F56R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42 / プラスミド: PGKC006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P60953
#2: タンパク質 Intersectin-1 / SH3 domain-containing protein 1A / SH3P17


分子量: 40736.305 Da / 分子数: 2 / 断片: DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571) / 変異: S1373E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN1, ITSN, SH3D1A / プラスミド: PGKI009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q15811
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 35386 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
PHENIXdev_847精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KI1

1ki1


解像度: 2.65→45.848 Å / SU ML: 0.9 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 3499 9.91 %
Rwork0.2411 --
obs0.2456 35295 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.111 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7378 Å2-0 Å20.1387 Å2
2---5.0701 Å2-0 Å2
3---10.8079 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6897 0 56 115 7068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0019625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2162466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051246
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1822X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
12D1822X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21A1270X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
22C1270X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.68630.32031240.3051207X-RAY DIFFRACTION95
2.6863-2.72470.33421290.27231229X-RAY DIFFRACTION97
2.7247-2.76540.35191400.30771277X-RAY DIFFRACTION100
2.7654-2.80860.37361150.28091271X-RAY DIFFRACTION99
2.8086-2.85460.29021410.26781302X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-2.90380.37791110.26341242X-RAY DIFFRACTION100
2.9038-2.95660.30821490.26621304X-RAY DIFFRACTION100
2.9566-3.01350.33141380.24481250X-RAY DIFFRACTION100
3.0135-3.0750.34991400.25561270X-RAY DIFFRACTION100
3.075-3.14180.29521380.24291268X-RAY DIFFRACTION100
3.1418-3.21490.3111250.25141278X-RAY DIFFRACTION100
3.2149-3.29530.33211650.26221247X-RAY DIFFRACTION100
3.2953-3.38430.30451460.24531284X-RAY DIFFRACTION100
3.3843-3.48390.30311190.2511301X-RAY DIFFRACTION100
3.4839-3.59630.25011430.21881254X-RAY DIFFRACTION100
3.5963-3.72480.27251480.2371260X-RAY DIFFRACTION100
3.7248-3.87380.27041600.22441278X-RAY DIFFRACTION100
3.8738-4.050.25441530.21221253X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.26340.2461400.21211285X-RAY DIFFRACTION100
4.2634-4.53030.26761650.21221259X-RAY DIFFRACTION100
4.5303-4.87970.21521460.21731269X-RAY DIFFRACTION100
4.8797-5.37010.27651310.2171295X-RAY DIFFRACTION100
5.3701-6.14560.38261660.30191268X-RAY DIFFRACTION100
6.1456-7.73680.28981350.28431314X-RAY DIFFRACTION100
7.7368-45.85430.23941320.22091331X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02950.0042-0.02090.0211-0.01670.1035-0.10420.00220.0463-0.05770.0106-0.033-0-0.0748-0.09110.33690.027-0.05580.329-0.13220.194833.485113.941330.299
20.00810.00250.00510.0108-0.00430.0034-0.0033-0.01610.03130.08620.06150.02070.07590.00090.00010.2661-0.05730.1120.3719-0.0820.609232.53414.541739.6208
30.1457-0.04230.13390.0141-0.03630.1256-0.13790.0170.1575-0.0135-0.07430.0363-0.0593-0.0095-0.01570.25240.00340.0190.2960.01460.263727.490125.475227.655
40.0116-0.0077-0.01240.01390.01230.0394-0.03140.0559-0.0005-0.0653-0.0486-0.0243-0.0044-0.0306-0.10950.2679-0.10690.06490.2746-0.17770.142932.485.208625.2115
50.0135-0.0288-0.0360.15060.02310.1125-0.04490.06040.0073-0.01570.0762-0.14080.04870.1146-0.15050.2954-0.08140.13720.3483-0.12620.083441.00288.099221.9921
60.020.0131-0.00250.0178-0.01060.0093-0.11260.0790.01650.13170.0039-0.4527-0.12230.1179-0.00090.2967-0.02790.05940.4181-0.15380.53349.674712.450925.0645
70.0017-0.00310.0010.0027-0.00430.0075-0.0230.10180.077-0.01970.0527-0.0064-0.0068-0.0049-00.1966-0.04860.02710.19970.00730.142134.917723.122123.0368
80.2096-0.04820.05620.07970.05470.34390.24010.088-0.1340.05040.20550.0762-0.0511-0.32630.18070.0726-0.0291-0.0172-0.1008-0.15940.037219.56721.322536.9501
90.0520.002-0.0260.0494-0.04590.05890.05630.0484-0.0572-0.0149-0.04440.06690.0336-0.02390.04230.41960.1246-0.31150.4397-0.43850.843116.1875-20.38999.4201
100.1040.0244-0.05280.01010.01520.1350.08070.08390.0389-0.0880.01450.0014-0.0190.00920.05090.49750.01920.00920.9291-0.51780.555124.8308-12.31710.8437
110.13950.08990.08870.16120.13560.1329-0.0950.1375-0.0847-0.0923-0.03250.02810.0959-0.03470.00810.3980.1955-0.02680.7191-0.39280.44828.0636-16.53622.5799
120.01330.0045-0.00130.0679-0.0280.0119-0.0884-0.0155-0.0273-0.01130.0019-0.0161-0.0340.0248-0.1310.3740.06530.01090.34190.20460.1392-20.253-30.907330.3482
130.0101-0.00410.0010.01280.00530.0049-0.0337-0.019-0.02370.1001-0.01210.07210.04170.0043-0.00010.2789-0.0749-0.1280.3931-0.02720.675-19.1881-31.378539.681
140.0018-0.005-0.00050.00510.0026-0.0009-0.05120.0574-0.1222-0.0139-0.0946-0.03930.1152-0.0087-0.00010.24220.05480.02210.20410.01590.2026-14.2579-42.435627.6758
150.13070.01020.01330.0199-0.02470.033-0.12950.07180.0586-0.0989-0.0752-0.07240.14620.0621-0.38520.1943-0.0545-0.01460.24680.27530.1565-19.1312-22.145325.2072
160.2541-0.3922-0.26380.61340.41410.6487-0.12750.0927-0.0372-0.0515-0.00420.2160.0052-0.1282-0.32850.3523-0.0254-0.14970.43210.21870.1768-27.6896-25.185321.8366
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180.00110.00070.0011-0.00030.00050.0019-0.03310.0074-0.04560.0157-0.02260.050.0237-0.034800.6229-0.0487-0.30340.71120.0130.6475-35.482-30.705815.8447
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210.2094-0.0159-0.28090.0020.02280.37890.0996-0.10930.0586-0.00910.0971-0.1381-0.11080.00440.11360.2068-0.066-0.12170.2297-0.03530.31339.483-22.38727.3266
220.023-0.0150.00950.0551-0.03870.03760.0457-0.1010.00920.23230.0044-0.10990.00190.1662-0.00250.1858-0.02830.01390.19750.03630.1996-7.3307-14.80150.2779
230.016-0.00170.00440.01130.00890.00360.10110.14850.0342-0.00230.08630.21090.0344-0.01140.00040.33110.0208-0.07160.27830.10130.2745-0.8129-17.894724.2489
240.06080.03460.01190.020.01440.0412-0.00830.0435-0.1824-0.04160.0772-0.06360.02850.024700.25150.06880.02550.13540.01860.21443.4735-34.730528.2886
250.0453-0.02340.03570.0112-0.01950.0246-0.0430.0602-0.02610.0899-0.0490.0528-0.00620.0741-00.1210.0257-0.00510.15260.01660.1946-15.9459-17.234341.1177
260.10.02910.01030.00230.0070.14120.00790.1280.14410.0415-0.0405-0.0205-0.21790.0904-0.08350.236-0.01120.04330.14210.17570.3368-10.2543-6.983128.23
270.0085-00.01120.0081-0.00360.0087-0.06550.02770.01350.0142-0.01540.0539-0.0958-0.0187-0.00010.7532-0.01930.07980.6480.25880.6529-6.7646-0.27998.3955
28-0.0004-0.00080.00040.005-0.00580.00520.00570.04620.00470.0166-0.03440.0044-0.0050.02010.00010.83550.10560.12840.7580.12420.4322-9.4366-0.28314.2034
290.00040.00090.00330.00010.00260.0042-0.02950.0372-0.0287-0.06280.05260.04620.15420.0337-0.00880.94640.117-0.22560.69630.21840.6382-10.1235-2.72531.3589
300.00460.00790.00580.02820.0130.00730.0639-0.00210.005-0.00190.02450.0074-0.0292-0.00290.00011.17770.216-0.03621.2870.24811.3021-19.36548.113512.0119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:24)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 25:40)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 41:56)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 57:86)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 87:122)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 123:164)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 165:178)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 1229:1439)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 1440:1462)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 1463:1490)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 1491:1578)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 1:24)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 25:40)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 41:56)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 57:86)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 87:122)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 123:138)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 139:149)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 150:178)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 1229:1262)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 1263:1284)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 1285:1326)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 1327:1349)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 1350:1370)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 1371:1402)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 1403:1439)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 1440:1479)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 1480:1492)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 1493:1562)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 1563:1579)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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