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Yorodumi- PDB-3qbv: Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qbv | ||||||
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Title | Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN / Computationally designed / orthogonal interaction / GTPase / nucleotide exchange / cell membrane / GTP-binding / lipoprotein / membrane / methylation / nucleotide-binding / prenylation / cell junction / cell projection / endocytosis / phosphoprotein / SH3 domain / synapse / synaptosome / protein binding-signaling protein complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / Cdc42 protein signal transduction / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / Cdc42 protein signal transduction / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of synapse structural plasticity / dendritic cell migration / storage vacuole / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neuron fate determination / modulation by host of viral process / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cardiac conduction system development / GTP-dependent protein binding / regulation of filopodium assembly / establishment of Golgi localization / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / dendritic spine morphogenesis / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / embryonic heart tube development / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / proline-rich region binding / nuclear migration / DCC mediated attractive signaling / adherens junction organization / sprouting angiogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of postsynapse organization / positive regulation of filopodium assembly / endosomal transport / regulation of mitotic nuclear division / establishment or maintenance of cell polarity / phagocytosis, engulfment / RHOV GTPase cycle / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / heart contraction / Myogenesis / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / positive regulation of cytokinesis / RHO GTPases activate PAKs / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle midzone / negative regulation of protein-containing complex assembly / phagocytic vesicle / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / clathrin-coated pit / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / G protein activity / filopodium / positive regulation of DNA replication / secretory granule / actin filament organization / integrin-mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / EGFR downregulation / positive regulation of JNK cascade / MAPK6/MAPK4 signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse / protein localization Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Kapp, G.T. / Remenyi, A. / Lim, W.A. / Kortemme, T. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Control of protein signaling using a computationally designed GTPase/GEF orthogonal pair. Authors: Kapp, G.T. / Liu, S. / Stein, A. / Wong, D.T. / Remenyi, A. / Yeh, B.J. / Fraser, J.S. / Taunton, J. / Lim, W.A. / Kortemme, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qbv.cif.gz | 365.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qbv.ent.gz | 294.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qbv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ki1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 19784.725 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 1-178 / Mutation: F56R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CDC42 / Plasmid: PGKC006 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ROSETTA2 / References: UniProt: P60953 #2: Protein | Mass: 40736.305 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571) / Mutation: S1373E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ITSN1, ITSN, SH3D1A / Plasmid: PGKI009 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ROSETTA2 / References: UniProt: Q15811 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.115872 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 35386 / Redundancy: 3.9 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 20 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.74 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1KI1 Resolution: 2.65→45.848 Å / SU ML: 0.9 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.111 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→45.848 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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