PDB-3q8i: Crystal structure of Anopheles Gambiae odorant binding protein 4 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q8i

タイトル

Crystal structure of Anopheles Gambiae odorant binding protein 4 in complex with indole

要素

Odorant binding protein

キーワード

Odorant Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

dibutyl phthalate binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Davrazou, F. / Dong, E. / Murphy, E.J. / Jones, D.N.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational ordering plays a key role in regulating heterodimeric interactions between odorant binding proteins from Anopheles gambiae
著者: Davrazou, F. / Dong, E. / Murphy, E.J. / Jones, D.N.M.

履歴

登録	2011年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q8i.cif.gz	60.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q8i.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q8i_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q8i_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	3q8i_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	3q8i_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4owk-2 3stm-d 1fg4-1 1ooi-d 5l8o-2 1lid-d 1oof-2 1fe3-d 4owl-8 1tou-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Odorant binding protein

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Odorant binding protein

ヘテロ分子

A: Odorant binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.239, 66.364, 33.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-175- HOH

#1: タンパク質	Odorant binding protein / Odorant binding protein / antennal (AGAP010489-PA) / Odorant-binding protein AgamOBP4 分子量: 13977.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 株: sensu stricto / 遺伝子: AgamOBP4, AGAP010489, agCG48601, OBP-4, OBP4 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8T6R7
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル分子量: 117.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.85 詳細: 25.5% PEG, 100 mM MOPS, pH 6.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: "NOIR-1" MBC system / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月11日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→14.88 Å / Num. all: 8826 / Num. obs: 8402 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.03 %
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.17 % / R_merge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 874 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→14.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 9.244 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2405	424	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20043	-	-	-
all	0.228	8799	-	-
obs	0.20239	8402	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.247 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→14.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	939	0	19	93	1051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	2.003	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.895	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.424	25.556	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.888	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.228	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.708	1.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.34	2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.655	3	367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.183	4.5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	40	-
R_work	0.261	597	-
obs	-	597	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5738	-0.62	2.8968	0.6816	1.0377	8.924	0.0032	-0.0309	-0.1271	-0.0918	-0.0112	0.0772	-0.3251	-0.1359	0.008	0.0457	0.0015	0.0069	0.044	-0.0218	0.0931	4.5713	5.7616	19.9344
2	1.5113	-0.1616	-0.5053	1.565	0.5624	0.9129	0.0364	-0.0892	0.0543	0.0264	0.0124	0.0839	-0.1011	0.0689	-0.0487	0.0605	0.0093	0.0055	0.0558	0.0055	0.0493	14.6855	4.9711	24.4762
3	1.8651	-1.0482	1.7458	1.7231	-0.6514	2.3943	0.0973	0.14	0.0293	0.1259	-0.0657	-0.0531	0.0647	-0.1316	-0.0315	0.0681	0.0311	0.0412	0.1176	0.0143	0.0627	12.5479	-9.0607	13.9556
4	1.3561	-0.7256	0.1724	0.9502	0.0254	1.7122	0.0359	-0.0063	-0.0542	-0.0868	0.056	-0.0241	-0.0069	0.0303	-0.0919	0.0675	0.0096	0.0133	0.051	0.0095	0.0639	20.2505	-3.1035	21.161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	93 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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