PDB-3q80: Structure of Mtb 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q80

タイトル

Structure of Mtb 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD) Complexed with CDP-ME

要素

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Rossmann fold / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / CTP binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase (IspD): a candidate antitubercular drug target
著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2011年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q80.cif.gz	186.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q80.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3q80_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q80_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3q80_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	3q80_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q80	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3q7uC 1i52S 3okr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zza-1 3q3v-1 2xwl-d 5xch-d 2xmh-2 2xme-1 5giq-d 5giu-d 6kns-2 4ege-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.581, 92.668, 146.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT 分子量: 24063.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: ispD, Rv3582c, MT3688, MTCY06G11.29c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96864, UniProt: P9WKG9*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CDM / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL / シチジン5′-二りん酸β-[(2R,3S)-2,3,4-トリヒドロキシ-3-メチルブチル] 分子量: 521.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 36096 / Num. obs: 36096 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Χ²: 1.997 / Net I/σ(I): 31.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
2-2.07	2.2	0.263	4.24	2354	0.263	1.474	60.5
2.07-2.15	2.6	0.199	6.39	2811	0.263	1.554	73.3
2.15-2.25	3.3	0.147	10.46	3402	0.147	1.813	88
2.25-2.37	4.4	0.124	14.21	3869	0.124	1.764	99.6
2.37-2.52	4.5	0.098	18.79	3890	0.098	1.893	99.9
2.52-2.71	4.5	0.076	24.78	3917	0.076	2.034	99.8
2.71-2.99	4.6	0.061	31.16	3930	0.061	2.197	99.8
2.99-3.42	4.7	0.054	35.98	3907	0.054	2.351	99.4
3.42-4.31	4.7	0.048	37.39	3937	0.048	2.202	98.4
4.31-50	4.6	0.046	36.67	4079	0.046	1.855	96.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I52

1i52

解像度: 2→24.796 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.8646 / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2018	1806	5.01 %	random
R_work	0.1651	-	-	-
all	0.167	36029	-	-
obs	0.167	36029	91.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.533 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.73 Å² / B_iso mean: 38.6502 Å² / B_iso min: 13.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2307 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.053 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1777 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3197	0	72	357	3626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.126	4610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.401	1287

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2-2.0521	0.286	77	0.2156	1657	1734	1734	58
2.0521-2.1125	0.2688	108	0.1963	1952	2060	2060	69
2.1125-2.1806	0.2397	118	0.1868	2244	2362	2362	79
2.1806-2.2585	0.223	143	0.1637	2557	2700	2700	91
2.2585-2.3488	0.2313	171	0.163	2816	2987	2987	100
2.3488-2.4557	0.2072	136	0.1544	2850	2986	2986	100
2.4557-2.585	0.2284	143	0.1587	2853	2996	2996	100
2.585-2.7468	0.1967	146	0.1738	2844	2990	2990	100
2.7468-2.9585	0.2288	128	0.1792	2875	3003	3003	100
2.9585-3.2557	0.2328	149	0.1836	2856	3005	3005	99
3.2557-3.7254	0.1925	141	0.1691	2870	3011	3011	99
3.7254-4.6884	0.1665	177	0.1425	2867	3044	3044	98
4.6884-24.798	0.1879	169	0.1612	2982	3151	3151	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6645	-0.1855	0.6443	2.1694	0.3639	0.533	-0.0287	-0.1484	-0.0047	0.1129	0.0434	-0.189	0.0505	-0.0269	-0.022	0.2147	0.0063	0.0284	0.2488	0.0175	0.2136	12.7624	-31.1111	27.1983
2	1.0099	0.2195	-0.4346	0.5634	0.1493	0.581	0.0564	-0.0296	-0.1012	-0.0976	-0.1035	-0.4468	-0.0516	0.3023	-0.0052	0.2711	0.036	0.0795	0.2732	0.0125	0.3309	18.4833	-35.6449	21.166
3	2.0259	-0.7059	0.4784	0.6141	-0.4833	1.1259	0.0694	-0.0274	-0.2654	-0.2681	-0.0694	0.1245	0.2591	-0.1062	-0.0314	0.3308	-0.0184	-0.0173	0.2402	-0.01	0.2619	-0.5973	-35.6994	19.1746
4	0.4098	-0.4749	-0.2358	1.459	-0.1683	1.0083	0.1438	0.0353	-0.0701	-0.561	-0.0071	0.1136	0.0378	-0.0335	-0.0969	0.3381	0.002	-0.0195	0.2114	-0.0309	0.1664	-0.6936	-21.0627	10.6848
5	1.7978	-0.3371	0.857	1.8617	-0.1082	0.6215	0.0582	0.15	-0.0388	-0.627	-0.1025	0.0492	0.0771	-0.0278	0.0264	0.4185	0.0056	0.0022	0.2464	-0.0152	0.2136	4.6513	-28.6234	13.0044
6	4.8185	4.7185	-4.3554	4.6202	-4.2657	3.9381	-0.0694	-1.5758	-0.1323	1.3471	-0.6465	0.015	-0.5602	0.9126	0.6046	0.3245	-0.0256	-0.0264	0.4183	0.0104	0.2265	2.4985	-21.3481	37.3151
7	0.756	-0.5565	-0.0996	2.0305	0.4143	0.7005	-0.0766	-0.2098	0.1342	0.1255	0.167	0.2215	-0.0691	-0.0385	-0.0822	0.1539	0.0074	-0.0203	0.2633	-0.0277	0.2084	-12.8712	-3.1901	30.2029
8	0.8728	-0.9745	-0.3063	2.1769	0.794	1.2399	0.0344	-0.0046	0.0515	-0.2082	-0.0732	0.2455	-0.2411	-0.1487	0.0564	0.1653	0.0141	-0.0499	0.1566	-0.0083	0.2017	-16.6292	1.5736	24.4806
9	5.7575	2.4886	-5.0106	4.2411	-2.0134	7.9941	0.2675	-0.4299	0.7602	-0.4218	-0.4102	-1.0281	-0.6664	0.9871	0.077	0.4003	-0.0794	0.0626	0.3592	-0.0183	0.4819	1.1984	7.6829	15.7477
10	0.7355	0.0112	0.2076	1.3932	0.076	1.1076	0.0966	0.1142	0.1231	-0.6552	0.0104	-0.0721	-0.1055	0.0203	-0.0793	0.3806	0.008	-0.0165	0.2596	0.027	0.2053	-5.7766	-9.4839	10.5965
11	0.7239	-0.454	-0.4491	1.4824	0.2804	0.4346	0.0396	-0.0618	0.044	-0.4531	-0.0825	-0.0084	0.0423	-0.0353	0.0136	0.322	-0.0075	-0.0258	0.2641	0.018	0.2038	-6.9512	-6.5574	15.0889
12	7.3527	0.2196	-2.1487	5.1681	-0.7651	0.7764	-0.0373	-0.9058	0.1139	0.4165	0.1477	0.3044	0.1874	0.0647	-0.0755	0.2823	0.0203	0.0208	0.3119	0.02	0.2235	-3.6488	-12.9354	36.6146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:63)	A	6 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 64:95)	A	64 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 100:138)	A	100 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 139:175)	A	139 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 176:222)	A	176 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 223:231)	A	223 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 6:53)	B	6 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 54:119)	B	54 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 120:129)	B	120 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 130:186)	B	130 - 186
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 187:220)	B	187 - 220
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 221:231)	B	221 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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