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- PDB-3q7c: Exonuclease domain of Lassa virus nucleoprotein bound to manganese -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7c
タイトルExonuclease domain of Lassa virus nucleoprotein bound to manganese
要素Nucleoprotein
キーワードHYDROLASE / DEDDh exonuclease / 3' exonuclease / arenavirus nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arenaviral nucleoprotein, C-terminal domain / Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / WD40 repeat / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Kimberlin, C.R. / Zandonatti, M.A. / MacRae, I.J. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of the Lassa virus nucleoprotein reveals a dsRNA-specific 3' to 5' exonuclease activity essential for immune suppression.
著者: Hastie, K.M. / Kimberlin, C.R. / Zandonatti, M.A. / Macrae, I.J. / Saphire, E.O.
履歴
登録2011年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4854
ポリマ－27,2701
非ポリマー2153
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.870, 67.940, 78.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 27270.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13699
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4M potassium phosphate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34 Å / Num. all: 38172 / Num. obs: 38157 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.5→1.5527 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 38172 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX1.6_289位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→33.809 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 1909 5 %random
Rwork0.1897 ---
obs0.191 38157 97.01 %-
all-38172 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.729 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0494 Å20 Å2-0 Å2
2--1.7792 Å20 Å2
3----0.7298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 7 306 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0832265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.132624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.55270.2321910.20663415X-RAY DIFFRACTION93
1.5527-1.61480.22771930.19233671X-RAY DIFFRACTION99
1.6148-1.68830.20462010.17983649X-RAY DIFFRACTION100
1.6883-1.77740.2291870.18013683X-RAY DIFFRACTION100
1.7774-1.88870.20311860.17063728X-RAY DIFFRACTION100
1.8887-2.03450.19091910.1733680X-RAY DIFFRACTION100
2.0345-2.23920.18761820.16363718X-RAY DIFFRACTION100
2.2392-2.56310.19922070.17213727X-RAY DIFFRACTION100
2.5631-3.22890.21151950.18173775X-RAY DIFFRACTION99
3.2289-33.81720.22171760.19663202X-RAY DIFFRACTION81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52220.0252-0.03410.16020.2320.3374-0.0211-0.00850.05950.0417-0.05920.08720.0301-0.01210.06180.0833-0-0.00250.1021-0.03290.1147-19.450413.4574-4.2504
20.50680.1417-0.07040.5040.47610.8885-0.0085-0.0386-0.01770.04570.0367-0.00320.03030.0399-0.02770.06780.0022-0.00290.0679-0.00650.0872-9.33736.2846-7.6494
30.984-0.2772-0.08950.37770.38810.7288-0.02260.0215-0.17510.0059-0.07190.0720.1691-0.06940.07640.1433-0.01550.00530.1032-0.02120.1406-18.8132-0.9321-10.7178
40.2945-0.1778-0.22470.14540.22470.4948-0.0060.0566-0.15270.123-0.01420.00110.26720.17340.04130.19290.06260.01770.1523-0.05080.17670.2747-10.452-19.1323
50.3999-0.1929-0.14520.18720.17770.72360.0380.1703-0.0391-0.0241-0.09290.066-0.02-0.0640.02310.11170.0012-0.01010.1116-0.03110.118-17.52034.2645-17.8801
60.40610.1540.52970.65020.52750.9041-0.19060.210.09010.17140.13520.050.04770.29690.0540.1568-0.01310.00490.15950.03810.13133.650222.9443-8.5623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 360:393)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 394:455)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 456:508)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 509:523)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 524:559)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 560:569)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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