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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q6g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab of rhesus mAb 2.5B specific for quaternary neutralizing epitope of HIV-1 gp120 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig / neutralization of HIV-1 viruses / Quaternary epitope of HIV-1 gp120 | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å | ||||||
データ登録者 | Spurrier, B. / Sampson, J. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / William, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Structural Analysis of Human and Macaque mAbs 2909 and 2.5B: Implications for the Configuration of the Quaternary Neutralizing Epitope of HIV-1 gp120. 著者: Spurrier, B. / Sampson, J.M. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / Williams, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3q6g.cif.gz | 189.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3q6g.ent.gz | 155.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3q6g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22180.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル) #2: 抗体 | 分子量: 24780.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18% PEG 3350, 100 mM ammonium nitrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月28日 / 詳細: Mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 68825 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.85 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.902→29.702 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.299 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.902→29.702 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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