PDB-3q3o: Toluene 4 monooxygenase HD complex with phenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q3o

タイトル

Toluene 4 monooxygenase HD complex with phenol

要素

(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aromatic hydrocarbon catabolism / iron / multi-component monooxygenase / aromatic hydroxylation

機能・相同性

機能・相同性情報

toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas mendocina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Fox, B.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase.
著者: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G.

履歴

登録	2010年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q3o.cif.gz	430.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q3o.ent.gz	350.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3q3o_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q3o_full_validation.pdf.gz	492.7 KB	表示
XML形式データ	3q3o_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	3q3o_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/3q3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/3q3o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3q14C 3q2aC 3q3mC 3q3nC 3ri7C 3rmkC 3dhh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i5j-1 3q3n-1 3i63-1 3ri7-1 3q3m-d 5tdu-1 5tdv-d 7d0k-d 5tdt-d 3dhi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A

B: Toluene-4-monooxygenase system protein E

C: Toluene-4-monooxygenase system protein B

E: Toluene-4-monooxygenase system protein D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
233 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.698, 116.393, 180.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-309- 1PE
2	1	A-760- HOH

-
Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein A / Alpha hydroxylase 分子量: 58169.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: Q00456, tmoA / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein E / Beta hydroxylase 分子量: 36176.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: Q00460, tmoE / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein B / Gamma hydroxylase 分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: Q00457, tmoB / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質	Toluene-4-monooxygenase system protein D / Effector 分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 株: KR1 / 遺伝子: Q00459, tmoD / プラスミド: pCDtet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 4種, 620分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル分子量: 94.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 200 mM ammonium chloride, 50 mM phenol, 20% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月7日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 77602 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 1.274 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	4.1	0.318	2731	0.902	1	67.5
1.93-1.97	4.2	0.288	2953	0.893	1	71.7
1.97-2.01	4.3	0.261	3225	0.924	1	79
2.01-2.05	4.2	0.238	3423	0.932	1	84.3
2.05-2.09	4.3	0.216	3672	1.007	1	89.8
2.09-2.14	4.3	0.189	3837	1.003	1	94.3
2.14-2.19	4.3	0.165	4020	1.043	1	97.5
2.19-2.25	4.4	0.155	4048	1.131	1	98.8
2.25-2.32	4.5	0.137	4089	1.203	1	99.9
2.32-2.39	4.5	0.125	4109	1.308	1	100
2.39-2.48	4.5	0.112	4078	1.504	1	99.9
2.48-2.58	4.6	0.098	4085	1.598	1	100
2.58-2.7	4.6	0.082	4126	1.526	1	99.9
2.7-2.84	4.6	0.066	4138	1.374	1	99.9
2.84-3.02	4.7	0.052	4105	1.375	1	100
3.02-3.25	4.7	0.048	4136	1.62	1	99.9
3.25-3.58	4.7	0.044	4121	1.961	1	99.8
3.58-4.09	4.8	0.033	4182	1.499	1	99.9
4.09-5.16	4.8	0.025	4198	1.033	1	99.8
5.16-50	4.6	0.025	4326	1.013	1	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.12 Å	47.04 Å
Translation	2.12 Å	47.04 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→31.659 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	3536	5.03 %
R_work	0.1499	-	-
obs	0.1521	70254	92.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.799 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.8 Å² / B_iso mean: 34.8964 Å² / B_iso min: 12.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.1525 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.0294 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.1231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.659 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8022	0	60	611	8693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	11412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.486	3084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-2.0197	0.2542	276	0.1893	5064	5340	71
2.0197-2.1005	0.2383	289	0.1699	5849	6138	82
2.1005-2.1961	0.2209	319	0.1668	6426	6745	90
2.1961-2.3119	0.2327	383	0.1541	6690	7073	94
2.3119-2.4567	0.1928	352	0.1476	6868	7220	96
2.4567-2.6463	0.2034	356	0.1519	6964	7320	97
2.6463-2.9124	0.2247	391	0.1645	7060	7451	98
2.9124-3.3334	0.2146	384	0.1698	7151	7535	99
3.3334-4.1982	0.1742	390	0.1387	7233	7623	100
4.1982-31.6631	0.1512	396	0.1306	7413	7809	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3247	0.1198	-0.0321	0.2299	-0.0886	0.2679	0.0145	-0.2668	-0.045	0.0947	0.0359	0.1055	0.0047	0.1746	-0.0495	0.1911	-0.0051	-0.0141	0.2688	-0.0282	0.2168	35.2812	9.9936	26.958
2	0.571	-0.4899	-0.1864	0.4386	0.0103	0.1214	0.0026	-0.1381	-0.0687	0.0313	0.111	-0.1733	-0.0201	0.0553	-0.0974	0.1908	-0.0202	-0.0156	0.1544	0.0122	0.1943	26.08	8.5729	25.8988
3	0.1639	0.3123	0.2488	0.5537	0.3362	0.8121	-0.1318	-0.14	-0.0515	-0.1161	0.0251	0.0316	-0.1524	-0.2272	0.0926	0.2456	0.0213	-0.0306	0.2189	-0.0037	0.1788	4.5363	6.2919	-0.3176
4	0.1171	0.1342	-0.0876	0.1198	0.5134	0.5901	0.0254	-0.0256	0.0081	-0.1554	-0.0579	-0.0372	-0.3044	-0.1187	0.0324	0.2694	0.0757	-0.0166	0.1506	0.0025	0.1545	9.5582	18.3098	15.668
5	0.4955	-0.1769	-0.1241	0.1836	0.0734	0.5649	-0.0237	-0.0185	-0.0584	0.0666	-0.0179	-0.0121	-0.1134	-0.1079	0.0371	0.2298	0.0193	-0.0036	0.1952	0.0116	0.1874	7.3757	6.2291	18.8453
6	0.9827	-0.0688	-0.2799	0.3065	0.1434	0.455	-0.046	-0.3909	0.0774	0.124	-0.0274	-0.012	-0.0061	-0.2536	0.0399	0.138	0.0679	-0.0132	0.1754	0.0061	0.0933	8.7964	14.1457	35.1149
7	0.2379	-0.1405	-0.134	0.6827	0.2836	0.8004	-0.0176	-0.1433	-0.0055	-0.0551	-0.1855	0.1185	-0.0157	-0.4264	0.1858	0.1878	0.0881	-0.0576	0.3827	-0.0592	0.2001	-7.4661	10.4879	25.0292
8	0.4185	-0.2965	-0.4365	0.2768	0.2413	0.5811	-0.1902	0.0462	-0.0408	-0.0092	-0.2712	0.3584	0.0432	-0.8718	0.4003	0.1803	0.0756	-0.0661	0.6764	-0.1986	0.3465	-20.1049	7.8427	27.8227
9	0.3853	0.0452	0.0596	0.6534	0.6044	1.2412	0.0511	-0.1958	-0.026	-0.1269	-0.2389	0.1268	-0.3846	-0.5082	0.2112	0.2263	0.2046	-0.0841	0.3689	-0.0894	0.1974	-9.5835	26.5398	30.1944
10	0.6022	-0.2404	-0.3913	0.4263	0.5869	1.0863	0.0932	0.2763	0.1599	-0.4669	-0.0588	0.1363	-0.5516	-0.2562	0.1696	0.4183	0.2949	-0.1568	0.2654	-0.0531	0.1824	-10.3388	30.9321	13.7264
11	0.2629	0.0568	0.0262	0.118	-0.0407	0.0193	-0.254	-0.0612	0.2229	-0.1947	-0.1065	0.0996	-0.4644	-0.0133	0.2674	0.9347	0.3656	-0.2406	0.3612	-0.0729	0.2328	-4.0254	31.975	-0.8781
12	0.208	0.0123	0.0003	0.0448	0.133	0.171	0.1382	0.0788	0.1406	-0.4075	-0.0752	-0.1419	-0.6439	-0.2795	-0.0304	0.5214	0.1158	-0.0025	0.1912	0.0236	0.2164	12.272	28.6472	8.3593
13	0.5147	-0.0171	-0.1746	-0.0218	0.0679	0.7881	-0.0069	0.0441	0.2402	-0.4002	-0.022	-0.0476	-0.6109	-0.2996	0.0068	0.5111	0.0052	0.0234	0.1373	-0.0149	0.2855	22.0177	33.7248	16.9466
14	0.0379	-0.0196	0.0598	0.0181	0.0786	0.157	0.0529	0.1378	-0.0248	-0.035	-0.0133	-0.049	-0.1559	0.0417	-0.0508	0.2744	-0.03	0.0258	0.1486	0.0049	0.1991	27.086	9.3276	3.2931
15	0.6404	-1.0083	-0.3661	1.6119	0.5316	1.1583	-0.0593	0.1251	-0.3423	-0.1617	0.2416	0.1275	0.3166	0.3046	-0.185	0.2745	0.0171	-0.0143	0.2624	-0.0384	0.2543	44.2192	-6.2095	7.2485
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21	0.3321	-0.5172	-0.0982	0.8666	0.1159	0.248	0.0979	-0.0052	0.1098	-0.3028	-0.4076	0.2885	-0.3155	-0.8527	0.2352	0.3254	0.3844	-0.1492	0.5391	-0.1773	0.3265	-17.157	34.4159	31.2855
22	0.063	0.0438	0.0207	0.1096	0.1063	0.2139	-0.1011	0.1279	-0.0106	-0.1217	0.0444	0.2861	-0.1996	-0.5424	0.1347	0.5607	0.5675	-0.2894	0.7695	-0.3758	0.6237	-24.1089	41.5577	33.9007
23	0.0648	-0.0126	0.079	0.253	0.0083	0.1072	0.1801	0.1032	-0.0615	-0.2379	-0.2313	0.1972	-0.1512	-0.2119	0.0679	0.3604	0.4469	-0.2203	0.8056	-0.2755	0.4173	-24.3395	29.8586	24.379
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25	1.1647	0.4969	-0.4751	1.036	-0.5176	0.6115	-0.2502	-0.3572	-0.1597	-0.1065	-0.5389	0.2376	0.1052	-0.2188	0.4783	0.1574	0.2348	-0.0005	0.6735	-0.3035	0.2871	-20.558	32.0905	41.6232
26	1.3972	0.1942	-0.7677	2.5111	0.3958	1.5999	-0.3156	-0.8682	0.4145	0.028	-0.2912	0.6351	-0.0665	-0.1958	0.4326	0.4622	0.3752	-0.0757	0.9111	-0.3649	0.5734	-23.0913	39.1972	43.997
27	0.3123	-0.5476	-0.418	0.931	0.6983	0.568	0.0244	-0.1025	-0.1283	0.1043	-0.3725	0.3998	-0.4921	-0.9142	0.3178	0.3338	0.2611	-0.0727	0.7239	-0.2592	0.3805	-18.2738	36.7222	39.5706
28	1.034	-0.046	-0.5319	0.2469	0.2608	0.5061	-0.0981	-0.3759	-0.0916	0.222	-0.1673	0.1282	0.2198	0.1283	0.2371	0.3758	-0.087	0.0439	0.535	-0.0464	0.2547	-4.3304	-1.7493	38.1663
29	0.5114	-0.2368	-0.0949	0.3536	0.4734	1.8694	-0.102	-0.165	-0.1576	0.0812	0.0421	0.1413	0.4	-0.3372	0.0614	0.2161	-0.0152	0.0007	0.241	0.0105	0.2039	7.2281	-7.7843	18.8451
30	1.9609	-0.5047	-1.1432	0.3688	-0.1279	1.4391	-0.4512	-0.1127	-0.5606	0.3064	0.1994	0.1326	0.6887	0.0896	0.2394	0.3756	-0.0048	0.0403	0.1569	0.0349	0.231	9.022	-17.961	22.4535
31	0.9491	-0.0634	-0.493	0.6615	0.3421	2.4179	0.0277	0.0842	-0.1573	0.1464	-0.2157	0.1994	0.2022	-0.6016	0.1584	0.2346	-0.0385	0.0384	0.284	-0.0335	0.2368	-1.4565	-7.0672	17.925
32	0.5841	0.2372	-0.3912	0.1743	0.1249	1.5078	0.0421	-0.0633	-0.2926	-0.0154	-0.0259	0.0516	0.1898	-0.1303	-0.0882	0.2749	-0.0207	-0.0156	0.2308	0.0263	0.2026	5.6353	-8.7796	25.036
33	0.2567	0.4114	0.2009	1.1156	-0.2488	1.036	0.0767	-0.0539	-0.1767	0.0015	0.0783	-0.1843	0.0746	-0.0243	-0.1019	0.2936	0.0618	0.0034	0.1918	0.0293	0.2313	17.1265	-13.8095	21.1235
34	0.1787	0.3345	0.1657	1.5646	0.029	0.3181	-0.0294	0.2018	0.0139	0.2659	-0.1396	0.3659	0.3232	0.1074	0.1053	0.3722	0.0725	0.0597	0.1982	0.0421	0.2599	18.1199	-17.9053	13.6663
35	0.0351	0.0655	-0.0582	0.225	0.1476	0.3301	0.042	0.0073	-0.0545	0.0015	0.0038	-0.1373	0.17	-0.0191	-0.0636	0.2466	0.0073	-0.0192	0.1799	0.011	0.2236	15.9498	-7.1985	14.439
36	0.4333	0.229	0.5288	0.5561	-0.0505	0.9052	-0.0755	0.06	0.0316	0.1427	0.145	-0.4345	0.047	0.5219	-0.0668	0.2948	0.0026	-0.0795	0.3584	-0.0012	0.3503	21.3827	-8.2658	24.5051
37	0.8582	-0.0309	-0.6876	0.4982	0.7102	1.449	-0.0279	-0.3282	-0.261	0.2676	-0.0858	-0.2026	0.6723	-0.1347	0.0314	0.2802	0.0569	-0.0224	0.3557	0.0532	0.1823	12.5599	-6.8331	34.7196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:31)	A	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 32:63)	A	32 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 64:83)	A	64 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 84:192)	A	84 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 193:242)	A	193 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:272)	A	243 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 273:358)	A	273 - 358
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 359:368)	A	359 - 368
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 369:450)	A	369 - 450
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 451:492)	A	451 - 492
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 2:10)	B	2 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 11:47)	B	11 - 47
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 48:75)	B	48 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 76:94)	B	76 - 94
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 95:108)	B	95 - 108
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 109:120)	B	109 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 121:236)	B	121 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 237:265)	B	237 - 265
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 266:292)	B	266 - 292
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 293:306)	B	293 - 306
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 2:22)	C	2 - 22
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 23:35)	C	23 - 35
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 36:43)	C	36 - 43
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 44:50)	C	44 - 50
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 51:56)	C	51 - 56
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 57:68)	C	57 - 68
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 69:83)	C	69 - 83
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain E and resid 2:10)	E	2 - 10
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 11:26)	E	11 - 26
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 27:40)	E	27 - 40
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain E and resid 41:47)	E	41 - 47
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain E and resid 48:56)	E	48 - 56
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 57:61)	E	57 - 61
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 62:66)	E	62 - 66
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 67:86)	E	67 - 86
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain E and resid 87:95)	E	87 - 95
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain E and resid 96:103)	E	96 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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