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- PDB-3q14: Toluene 4 monooxygenase HD Complex with p-cresol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q14
タイトルToluene 4 monooxygenase HD Complex with p-cresol
要素
  • (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 3
  • PENTAETHYLENE GLYCOL
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatic hydrocarbon catabolism / iron / multi-component monooxygenase / aromatic hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / P-CRESOL / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase.
著者: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G.
履歴
登録2010年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PENTAETHYLENE GLYCOL
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9048
ポリマ－115,5764
非ポリマー3284
水14,826823
1
A: PENTAETHYLENE GLYCOL
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子

A: PENTAETHYLENE GLYCOL
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,80816
ポリマ－231,1528
非ポリマー6568
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.363, 116.023, 180.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

21A-771-

HOH

31A-888-

HOH

41A-891-

HOH

51B-659-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PENTAETHYLENE GLYCOL / Alpha hydroxylase


分子量: 58169.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00456, tmoA / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 3種, 3分子 BCE

#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / Beta hydroxylase


分子量: 36176.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00460, tmoE / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / Gamma hydroxylase


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00457, tmoB / プラスミド: p58kABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D / Effector


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / 遺伝子: Q00459, tmoD / プラスミド: pCDtet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 827分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PCR / P-CRESOL / p-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM ammonium chloride, 24% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.683→50 Å / Num. obs: 110851 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.69-1.724.50.481175.6
1.72-1.755.20.442181.4
1.75-1.785.20.382187.8
1.78-1.825.20.344193.4
1.82-1.865.40.307196.1
1.86-1.95.50.265197.2
1.9-1.955.60.218197.8
1.95-25.60.184197.7
2-2.065.60.151197.6
2.06-2.135.60.124197.5
2.13-2.215.60.102197.3
2.21-2.295.60.088197
2.29-2.45.60.078196.8
2.4-2.525.60.071197
2.52-2.685.60.065197.4
2.68-2.895.70.067198.3
2.89-3.185.90.076199.4
3.18-3.646.50.078199.9
3.64-4.5970.051100
4.59-506.80.037197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å38.7 Å
Translation1.9 Å38.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_713精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→38.703 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 5060 5.02 %
Rwork0.1481 --
obs0.1496 100853 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.966 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1729 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.5205 Å20 Å2
3----4.6524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8035 0 18 823 8876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01211339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7013056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.81250.26044230.21548941X-RAY DIFFRACTION91
1.8125-1.88510.22645370.18219367X-RAY DIFFRACTION96
1.8851-1.97090.21265220.16169516X-RAY DIFFRACTION97
1.9709-2.07480.1944980.15389575X-RAY DIFFRACTION98
2.0748-2.20480.18884840.14659578X-RAY DIFFRACTION97
2.2048-2.3750.18765000.14429542X-RAY DIFFRACTION97
2.375-2.6140.19035140.14589532X-RAY DIFFRACTION97
2.614-2.99210.18785170.15399707X-RAY DIFFRACTION98
2.9921-3.76920.1565090.14589973X-RAY DIFFRACTION100
3.7692-38.71240.14595560.131810062X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4063-0.00950.01230.8616-0.37880.65110.0105-0.2172-0.00630.056-0.0223-0.07770.0146-0.11780.00480.1459-0.028-0.0080.2080.03390.1932-35.1447-9.906426.9679
20.249-0.05550.08190.7667-0.32330.82830.035-0.1350.02360.10090.02610.1185-0.0547-0.0413-0.04940.1413-0.01810.01210.1602-0.00130.16-25.741-8.31325.22
30.58520.61440.35741.0772-0.40471.6256-0.0470.1206-0.0943-0.168-0.0632-0.09860.14590.28970.06620.20740.01740.02930.15220.01360.1425-3.5783-6.4452-0.3873
40.54850.07110.08330.3846-0.26810.40160.0349-0.02920.0175-0.0916-0.0371-0.01910.15190.1106-0.00350.14730.02750.00190.0918-0.00030.0915-8.9499-14.534916.9152
53.7027-0.9691-2.02220.88210.78961.82610.048-0.04350.00730.0466-0.05870.02410.0301-0.02280.03340.12190.0177-0.0130.1533-0.00110.1202-9.0998-14.149636.3918
60.9023-0.4289-0.24480.72720.34330.6317-0.0591-0.0332-0.0303-0.0211-0.0944-0.02370.04250.06830.14350.10820.02670.0110.20520.00230.11792.8023-5.172425.8288
73.6432.0104-2.51251.5633-0.81053.19350.0201-0.14230.0850.1134-0.0641-0.0203-0.0857-0.00470.01750.14150.07580.01190.26860.01060.1113.552-11.050938.0216
80.52730.0870.02970.33280.11630.0404-0.00080.0139-0.0209-0.089-0.0453-0.16360.08370.1834-0.21580.13440.11510.06840.29820.06140.190618.7628-16.059220.8444
91.10770.1336-0.24380.28640.12830.29610.0235-0.0571-0.0469-0.1064-0.1009-0.09830.15080.15250.07710.16090.09390.02870.19830.03710.13545.3038-28.053233.061
100.06840.0166-0.04340.21920.08250.13630.05560.072-0.0244-0.1092-0.0315-0.1540.09460.08450.13010.35510.18040.05330.23490.01980.205510.5365-30.774113.6701
111.686-0.4366-0.71180.51590.28790.63190.01020.2021-0.3297-0.2254-0.10330.01290.25250.1449-0.00960.38010.0892-0.0040.1672-0.0320.1812-7.4749-27.3187-0.6491
120.30320.1550.09430.13980.24620.67890.02040.0052-0.1658-0.11080.03470.03710.19640.032-0.04490.31450.0089-0.04390.0910.00260.1854-18.296-33.464818.5063
131.8752-1.3030.12541.1721-0.33390.23840.04750.0133-0.036-0.04670.00610.06670.1033-0.0845-0.02430.1814-0.0332-0.01160.0953-0.00060.142-28.2345-7.93433.5522
144.82080.3091-0.98122.1178-0.2911.94340.01830.11460.3033-0.02790.08250.2249-0.1612-0.2506-0.07520.22360.0285-0.00190.22510.0330.1871-49.09435.85798.5896
150.608-0.34370.04920.8396-0.07650.56960.0365-0.0513-0.0647-0.03350.03670.12370.1168-0.1692-0.05440.118-0.0453-0.02060.11670.02520.1176-36.2612-13.191816.5059
160.1938-0.47290.30592.6709-1.11550.6812-0.0101-0.1959-0.01460.18570.04830.1355-0.0768-0.2055-0.01590.1293-0.01640.02660.27660.03560.1779-47.7742-3.683625.1497
170.5466-0.26480.07770.4429-0.07080.10670.031-0.0335-0.1527-0.06420.04420.13150.1382-0.1137-0.0080.207-0.1109-0.05360.16770.04950.206-40.8675-23.513817.7307
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331.4024-1.1768-0.8293.34571.33852.25170.02570.03550.1735-0.06460.0159-0.1299-0.27390.0954-0.04850.1486-0.0178-0.01390.1374-0.00660.1528-8.941713.316116.7833
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380.9046-0.36240.34910.54180.11821.6510.02330.0049-0.0023-0.07910.00680.1288-0.0183-0.1125-0.0250.14340.00840.0060.1325-0.01410.1571-14.91963.613616.8493
392.1876-2.24092.38143.7866-2.83574.06160.0204-0.175-0.02220.03680.16470.3373-0.1126-0.4645-0.1410.17460.01420.0370.27180.04220.2087-20.73368.09224.597
402.40970.2970.74771.49090.34755.0085-0.026-0.2881-0.0440.27770.0354-0.03350.0086-0.0897-0.01350.16740.04380.00620.2214-0.03030.1289-12.44526.996834.6586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:31)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:63)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 64:84)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 85:244)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 245:270)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 271:313)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 314:324)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 325:384)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 385:450)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 451:492)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 2:32)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 33:75)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 76:97)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 98:112)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 113:171)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 172:193)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 194:235)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 236:260)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 261:289)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 290:306)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 2:20)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 21:27)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 28:34)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 35:40)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 41:52)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 53:56)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 57:62)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 63:68)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 69:75)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 76:84)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain E and resid 2:9)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain E and resid 10:16)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain E and resid 17:37)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain E and resid 38:45)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain E and resid 46:56)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain E and resid 57:64)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain E and resid 65:73)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain E and resid 74:85)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain E and resid 86:95)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain E and resid 96:103)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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