+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q14 | ||||||
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Title | Toluene 4 monooxygenase HD Complex with p-cresol | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / aromatic hydrocarbon catabolism / iron / multi-component monooxygenase / aromatic hydroxylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas mendocina (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Fox, B.G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystallographic analysis of active site contributions to regiospecificity in the diiron enzyme toluene 4-monooxygenase. Authors: Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / McCoy, J.G. / Elsen, N.L. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q14.cif.gz | 428.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q14.ent.gz | 348.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q14 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3q2aC 3q3mC 3q3nC 3q3oC 3ri7C 3rmkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 58169.344 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00456, tmoA / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of ...References: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
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-Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 3 types, 3 molecules BCE
#2: Protein | Mass: 36176.645 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00460, tmoE / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q00460, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
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#3: Protein | Mass: 9600.989 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00457, tmoB / Plasmid: p58kABE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 References: UniProt: Q00457, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
#4: Protein | Mass: 11629.032 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas mendocina (bacteria) / Strain: KR1 / Gene: Q00459, tmoD / Plasmid: pCDtet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(DE3) References: UniProt: Q00459, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into the other donor |
-Non-polymers , 3 types, 827 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 200 mM ammonium chloride, 24% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2010 / Details: mirrors and beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.683→50 Å / Num. obs: 110851 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→38.703 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / Phase error: 17.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.966 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→38.703 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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