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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q0y | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of C. reinhardtii SAS-6 homolog Bld12p | ||||||
![]() | Centriole protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / centrosome protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kitagawa, D. / Vakonakis, I. / Olieric, N. / Hilbert, M. / Keller, D. / Olieric, V. / Bortfeld, M. / Erat, M.C. / Flueckiger, I. / Goenczy, P. / Steinmetz, M.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the 9-fold symmetry of centrioles. 著者: Kitagawa, D. / Vakonakis, I. / Olieric, N. / Hilbert, M. / Keller, D. / Olieric, V. / Bortfeld, M. / Erat, M.C. / Fluckiger, I. / Gonczy, P. / Steinmetz, M.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18103.619 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PSTCM1 is derived from pET47B 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CrSAS-6, CrSAS-6 (Bld12p) / プラスミド: PSTCM1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→95.55 Å / Num. obs: 82040 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.462 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.343 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.5 Å2 / Biso mean: 29.2879 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.918 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %
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