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- PDB-3q02: Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q02
タイトルCrystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in a metastable active conformation.
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / PAI-1 / active serpin / serine protease inhibitor / metastable conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / replicative senescence / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / : / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jensen, J.K. / Morth, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of plasminogen activator inhibitor-1 in an active conformation with normal thermodynamic stability.
著者: Jensen, J.K. / Thompson, L.C. / Bucci, J.C. / Nissen, P. / Gettins, P.G. / Peterson, C.B. / Andreasen, P.A. / Morth, J.P.
履歴
登録2010年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32011年9月7日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
B: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8247
ポリマ－85,5602
非ポリマー2645
水2,342130
1
A: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8152
ポリマ－42,7801
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0085
ポリマ－42,7801
非ポリマー2284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.438, 67.172, 90.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42780.031 Da / 分子数: 2 / 変異: W175F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAI1, PLANH1, SERPINE1 / プラスミド: pET-24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P05121
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 1.7 - 3.0 M NaCl, 5 mM Mes pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 41055 / Num. obs: 40531 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 4.62 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.706 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DVM

1dvm


解像度: 2.3→24.943 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 2024 5 %5% random selection
Rwork0.1931 ---
obs0.1954 40487 98.73 %-
all-41055 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.837 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.263 Å2-0 Å210.9255 Å2
2--3.2622 Å20 Å2
3----5.5252 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5764 0 8 130 5902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0268010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6362190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.31971410.27052677X-RAY DIFFRACTION97
2.3575-2.42120.29221450.26492745X-RAY DIFFRACTION99
2.4212-2.49240.36441430.26142742X-RAY DIFFRACTION98
2.4924-2.57280.32791390.26862659X-RAY DIFFRACTION96
2.5728-2.66460.33591440.26432727X-RAY DIFFRACTION99
2.6646-2.77120.33171460.24682773X-RAY DIFFRACTION100
2.7712-2.89710.3261450.23912752X-RAY DIFFRACTION100
2.8971-3.04960.28941450.22492756X-RAY DIFFRACTION99
3.0496-3.24030.27211440.21772739X-RAY DIFFRACTION99
3.2403-3.48990.24231440.20612728X-RAY DIFFRACTION98
3.4899-3.83990.23641460.1862772X-RAY DIFFRACTION100
3.8399-4.39290.18961470.1632792X-RAY DIFFRACTION99
4.3929-5.52470.1951450.15332762X-RAY DIFFRACTION98
5.5247-24.94470.18671500.16032839X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45791.0486-0.72993.2858-2.89964.46890.10710.04680.17230.55040.32710.2779-0.6532-0.1433-0.38830.36290.03180.07240.2279-0.02590.327753.17229.7569-2.3815
22.605-1.1803-1.65421.6984-1.84396.82061.41510.26651.40510.70760.50460.0814-3.5806-0.7967-2.01552.38630.60881.39920.42030.33561.266139.316141.090617.4875
32.77480.5807-0.75631.8061-0.1921.895-0.1728-0.3985-0.02150.14340.0812-0.14980.22760.29840.08270.32160.1342-0.01510.3102-0.00720.183945.59391.675633.1365
40.19410.33620.05710.6111-0.0060.3772-0.2122-0.0786-0.4134-0.16540.236-0.61390.15210.31630.02440.29630.19150.03060.958-0.10170.887270.695-2.340824.3539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A (resid 4:176 or resid 207:379)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A resid 177:206
3X-RAY DIFFRACTION3chain B (resid 1:176 or resid 207:379)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B resid 177:206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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