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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pvk | |||||||||
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タイトル | Secreted aspartic protease 2 in complex with benzamidine | |||||||||
要素 | Candidapepsin-2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein catabolic process => GO:0030163 / : / : / candidapepsin / : / signal peptide processing / fungal-type cell wall organization / adhesion of symbiont to host / protein metabolic process / fungal-type cell wall ...protein catabolic process => GO:0030163 / : / : / candidapepsin / : / signal peptide processing / fungal-type cell wall organization / adhesion of symbiont to host / protein metabolic process / fungal-type cell wall / protein catabolic process / extracellular vesicle / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Koester, H. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012 タイトル: Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery. 著者: Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pvk.cif.gz | 85.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pvk.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pvk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pvk_validation.pdf.gz | 455.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pvk_full_validation.pdf.gz | 455.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pvk_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pvk_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/3pvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/3pvk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ms3C 3msaC 3msfC 3msnC 3n21C 3n4aC 3n9wC 3nn7C 3nx8C 3pczC 3prsC 3pwwC 1eagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36357.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-398 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) 参照: UniProt: P28871, UniProt: P0CS83*PLUS, candidapepsin |
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-非ポリマー , 5種, 338分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9 mM ZnAc, 16% PEG 8000, 0.1M imidazole/malate buffer pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Bertels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.27→40 Å / Num. all: 79920 / Num. obs: 79920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3341 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EAG 解像度: 1.27→38.999 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.22 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.27→38.999 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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