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万見
- PDB-3pu5: The crystal structure of a putative extracellular solute-binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pu5
タイトルThe crystal structure of a putative extracellular solute-binding protein from Bordetella parapertussis
要素extracellular solute-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative extracellular solute-binding protein
機能・相同性情報
生物種Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of aa putative extracellular solute-binding protein from Bordetella parapertussis
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2010年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1282
ポリマ－37,0361
非ポリマー921
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.569, 104.862, 39.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 extracellular solute-binding protein


分子量: 37035.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
遺伝子: BPP0906 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-codon+RIL (p) -stratagene / 参照: UniProt: Q7W0Z9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPEs pH 7.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 19512 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→42.5 Å / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 4.42 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1933 10 %
Rwork0.18 --
obs0.184 19324 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.93 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0404 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0804 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2474 0 6 162 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0133416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.804911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0505-2.10180.25031310.16671177X-RAY DIFFRACTION96
2.1018-2.15860.21371320.15551195X-RAY DIFFRACTION98
2.1586-2.22210.22961380.17181231X-RAY DIFFRACTION99
2.2221-2.29380.25361340.16571214X-RAY DIFFRACTION99
2.2938-2.37580.23221350.17821214X-RAY DIFFRACTION99
2.3758-2.47090.25051370.17561231X-RAY DIFFRACTION99
2.4709-2.58330.23251370.18671231X-RAY DIFFRACTION99
2.5833-2.71950.25041370.19431231X-RAY DIFFRACTION100
2.7195-2.88990.23591370.19331239X-RAY DIFFRACTION99
2.8899-3.11290.25181380.18871241X-RAY DIFFRACTION100
3.1129-3.42610.22451400.18191258X-RAY DIFFRACTION100
3.4261-3.92150.17561410.16511272X-RAY DIFFRACTION100
3.9215-4.93950.18291440.1581294X-RAY DIFFRACTION100
4.9395-42.50830.20031520.20531363X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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