+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pr9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural analysis of protein folding by the Methanococcus jannaschii chaperone FKBP26 | ||||||
要素 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / FKBP protein (FKBP) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural Analysis of Protein Folding by the Long-Chain Archaeal Chaperone FKBP26. 著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pr9.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3pr9.ent.gz | 34.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pr9 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17511.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncation of C-terminal domain at residue 150 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0825 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58235, プロリルイソメラーゼ |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 詳細: 1.7 M NaMalonate (pH 8.0), hanging drop, temperature 298K PH範囲: 100 mM Tris, pH 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→19.84 Å / Num. obs: 12182 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / WRfactor Rfree: 0.334 / WRfactor Rwork: 0.2519 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8023 / SU B: 4.181 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.2145 / SU Rfree: 0.1915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.31 Å2 / Biso mean: 20.3926 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.84 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
|