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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pmj | ||||||
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タイトル | Bovine trypsin variant X(tripleIle227) in complex with small molecule inhibitor | ||||||
要素 | Cationic trypsin | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Trypsin-like serine protease / HYDROLASE / PROTEIN BINDING / DUODENUM / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Tziridis, A. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Correlating structure and ligand affinity in drug discovery: a cautionary tale involving second shell residues. 著者: Tziridis, A. / Rauh, D. / Neumann, P. / Kolenko, P. / Menzel, A. / Brauer, U. / Ursel, C. / Steinmetzer, P. / Sturzebecher, J. / Schweinitz, A. / Steinmetzer, T. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pmj.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pmj.ent.gz | 82.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pmj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pmj_validation.pdf.gz | 730.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pmj_full_validation.pdf.gz | 731.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pmj_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pmj_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pmj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3plbC 3plkC 3plpC 3pm3C 3pwbC 3pwcC 3pyhC 3q00C 3unqC 3unsC 3uopC 3upeC 3uqoC 3uqvC 3uuzC 3uwiC 3uy9C 3v12C 3v13C 1v2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23376.363 Da / 分子数: 1 変異: N102E, L104Y, Y175S, P176S, G177F, Q178Y, S195A, V228I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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-非ポリマー , 6種, 372分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PMJ / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.3M AMMONIUM SULFATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→25 Å / Num. all: 32308 / Num. obs: 32308 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V2K 解像度: 1.45→21.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 Isotropic thermal model: PROTEIN AND LIGANDS ANISOTROPIC, WATERS ISOTROPIC 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.521 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→21.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.483 Å / Total num. of bins used: 20
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