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- PDB-3phf: Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3phf
タイトルCrystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex
要素
  • Envelope glycoprotein H
  • Envelope glycoprotein L
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS ENTRY / MEMBRANE FUSION / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal ...Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Matsuura, H. / Kirschner, A.N. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the Epstein-Barr virus (EBV) glycoprotein H/glycoprotein L (gH/gL) complex.
著者: Matsuura, H. / Kirschner, A.N. / Longnecker, R. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2010年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L
E: Envelope glycoprotein H
F: Envelope glycoprotein L
G: Envelope glycoprotein H
H: Envelope glycoprotein L
I: Envelope glycoprotein H
J: Envelope glycoprotein L
K: Envelope glycoprotein H
L: Envelope glycoprotein L
M: Envelope glycoprotein H
N: Envelope glycoprotein L
O: Envelope glycoprotein H
P: Envelope glycoprotein L
Q: Envelope glycoprotein H
R: Envelope glycoprotein L
S: Envelope glycoprotein H
T: Envelope glycoprotein L
U: Envelope glycoprotein H
V: Envelope glycoprotein L
W: Envelope glycoprotein H
X: Envelope glycoprotein L
Y: Envelope glycoprotein H
Z: Envelope glycoprotein L
1: Envelope glycoprotein H
2: Envelope glycoprotein L
3: Envelope glycoprotein H
4: Envelope glycoprotein L
5: Envelope glycoprotein H
6: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,347,94432
ポリマ－1,347,94432
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Envelope glycoprotein H
F: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Envelope glycoprotein H
H: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Envelope glycoprotein H
J: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Envelope glycoprotein H
L: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Envelope glycoprotein H
N: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Envelope glycoprotein H
P: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
Q: Envelope glycoprotein H
R: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
S: Envelope glycoprotein H
T: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
U: Envelope glycoprotein H
V: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
W: Envelope glycoprotein H
X: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
Y: Envelope glycoprotein H
Z: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
1: Envelope glycoprotein H
2: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
3: Envelope glycoprotein H
4: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
5: Envelope glycoprotein H
6: Envelope glycoprotein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2472
ポリマ－84,2472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.510, 244.909, 287.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein H / gH / Glycoprotein 85 / gp85


分子量: 72324.016 Da / 分子数: 16 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BXLF2, gH / プラスミド: pBACgus4x-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質
Envelope glycoprotein L / gL / Glycoprotein 25 / gp25


分子量: 11922.500 Da / 分子数: 16 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BKRF2, GL / プラスミド: pBACgus4x-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03212

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→28.868 Å / Num. all: 261791 / Num. obs: 261791 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.5-3.69197.4
3.69-3.91199.1
3.91-4.18199.9
4.18-4.521100
4.52-4.951100
4.95-5.531100
5.53-6.391100
6.39-7.831100
7.83-11.071100
11.07-28.868194.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.58→28.868 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3128 2461 -RANDOM
Rwork0.2838 ---
all-245994 --
obs-245098 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→28.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数94656 0 0 0 94656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003209
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.88433
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it13.258
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it21.027
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it18.047
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it24.671

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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