PDB-3m1c: Crystal structure of the conserved herpesvirus fusion regulator c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m1c

タイトル

Crystal structure of the conserved herpesvirus fusion regulator complex gH-gL

要素

(Envelope glycoprotein ...) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / glycoprotein H / glycoprotein L / gH/gL / envelope protein / Herpes simplex virus / Disulfide bond / Glycoprotein / Host cell membrane / Host endosome / Host membrane / Membrane / Transmembrane / Virion / Virus reference strain

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chowdary, T.K. / Heldwein, E.E.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the conserved herpesvirus fusion regulator complex gH-gL.
著者: Chowdary, T.K. / Cairns, T.M. / Atanasiu, D. / Cohen, G.H. / Eisenberg, R.J. / Heldwein, E.E.

履歴

登録	2010年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m1c.cif.gz	351.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m1c.ent.gz	284.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m1c_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m1c_full_validation.pdf.gz	778.9 KB	表示
XML形式データ	3m1c_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	3m1c_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1re3-2 1rf0-2 3hus-1 1lt9-1 3e1i-1 4bjy-1 2w2f-d 1uzr-d 2z4e-2 2q9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein H

B: Envelope glycoprotein L

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.255, 88.255, 333.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein H / gH 分子量: 81626.977 Da / 分子数: 1 断片: extracellular domain of glycoprotein H, residues 48-803 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 生物種: Human simplex virus 2 / 株: HG52 / 遺伝子: Envelope glycoprotein H, gH, UL22 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P89445
#2: タンパク質	Envelope glycoprotein L / gL 分子量: 23189.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 生物種: Human simplex virus 2 / 株: HG52 / 遺伝子: Envelope glycoprotein L, gL, UL1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P28278

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein H / gH

分子量: 81626.977 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain of glycoprotein H, residues 48-803
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
生物種: Human simplex virus 2 / 株: HG52 / 遺伝子: Envelope glycoprotein H, gH, UL22
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P89445

#2: タンパク質

Envelope glycoprotein L / gL

分子量: 23189.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
生物種: Human simplex virus 2 / 株: HG52 / 遺伝子: Envelope glycoprotein L, gL, UL1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P28278

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル

タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₂O₅

-
非ポリマー , 1種, 52分子

#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化	温度: 298 K 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 16.3 % / Av σ(I) over netI: 10.79 / 数: 343790 / R_merge(I) obs: 0.188 / Χ²: 1.29 / D res high: 3.3 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 21100 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.93	40	100	1	0.064	3.102	14
7.1	8.93	100	1	0.082	1.863	15
6.2	7.1	100	1	0.122	1.464	15.7
5.64	6.2	100	1	0.132	1.219	16
5.24	5.64	100	1	0.138	1.219	16.3
4.93	5.24	100	1	0.123	1.165	16.3
4.68	4.93	100	1	0.128	1.201	16.3
4.48	4.68	100	1	0.141	1.163	16.6
4.31	4.48	100	1	0.154	1.169	16.5
4.16	4.31	100	1	0.181	1.164	16.6
4.03	4.16	100	1	0.214	1.13	16.7
3.91	4.03	100	1	0.241	1.127	16.7
3.81	3.91	100	1	0.265	1.15	16.7
3.72	3.81	100	1	0.296	1.16	16.9
3.63	3.72	100	1	0.352	1.107	16.7
3.55	3.63	100	1	0.389	1.079	16.9
3.48	3.55	100	1	0.424	1.083	16.8
3.42	3.48	100	1	0.488	1.057	16.8
3.36	3.42	100	1	0.599	1.077	16.4
3.3	3.36	100	1	0.648	1.156	16.4

反射

解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 32326 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度: 2.84→2.89 Å / 冗長度: 5.9 % / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	1.4_175	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→39.2 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	2475	9.52 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.176	25991	94.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.21 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.837 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.837 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.673 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6590	0	66	52	6708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	9318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.813	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0578	0.3363	127	0.2398	1102	X-RAY DIFFRACTION	82
3.0578-3.1202	0.3506	120	0.2435	1187	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1202-3.188	0.3164	139	0.2074	1151	X-RAY DIFFRACTION	87
3.188-3.2621	0.2948	123	0.1933	1249	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2621-3.3436	0.2302	128	0.177	1248	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3436-3.434	0.2912	126	0.1792	1270	X-RAY DIFFRACTION	94
3.434-3.535	0.2648	130	0.1755	1297	X-RAY DIFFRACTION	94
3.535-3.649	0.2365	139	0.1656	1289	X-RAY DIFFRACTION	96
3.649-3.7793	0.237	142	0.1605	1302	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7793-3.9305	0.2114	135	0.147	1322	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9305-4.1092	0.2749	142	0.1491	1320	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1092-4.3256	0.207	139	0.1335	1330	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3256-4.5962	0.2107	141	0.1323	1373	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5962-4.9505	0.1952	144	0.1252	1365	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9505-5.4475	0.2184	146	0.1378	1363	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4475-6.233	0.2073	149	0.1477	1394	X-RAY DIFFRACTION	98
6.233-7.8426	0.2256	144	0.1515	1424	X-RAY DIFFRACTION	98
7.8426-39.1985	0.1917	161	0.1772	1530	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6428	-0.2938	-0.7617	1.0263	1.1885	3.4038	0.0349	-0.0057	0.1703	-0.1346	0.2166	-0.2971	-0.7769	0.4335	-0	0.3971	-0.0104	-0.0079	0.2577	-0.0538	0.3304	28.9326	62.9562	139.5017
2	1.1336	0.724	-0.167	2.6713	0.7945	1.9075	-0.048	-0.0356	0.0945	-0.2641	0.1929	-0.0635	-0.2167	0.1884	-0.0001	0.0879	0.0125	0.0135	0.2388	-0.0599	0.2533	31.6204	38.344	114.5897
3	3.2505	0.4657	0.5087	3.8159	0.6215	1.3625	0.0932	0.132	-0.4528	-0.1675	-0.0991	0.0631	0.2207	0.0131	0.0005	0.0821	0.0661	0.0202	0.2454	-0.07	0.2324	23.2648	10.0059	112.2203
4	0.3058	0.3214	0.0454	0.3697	-0.0692	0.3235	-0.1826	-0.0598	-0.7664	0.677	-0.1104	0.4306	0.3906	-0.3443	-0.0012	0.4222	0.0513	0.1001	0.5731	-0.0729	0.4928	9.7812	58.0508	155.9645
5	1.7977	-0.6741	-0.4096	1.6849	0.7457	1.8627	-0.0822	0.0891	-0.052	-0.2628	0.1718	-0.0908	-0.4715	0.0765	-0.0002	0.3868	0.1255	0.0278	0.1814	-0.0542	0.1243	21.6799	63.4953	150.7866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 49:303)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 304:614)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 615:797)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 24:51)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 52:165)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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