[日本語] English
万見
- PDB-3pf3: Crystal structure of a mutant (C202A) of Triosephosphate isomeras... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pf3
タイトルCrystal structure of a mutant (C202A) of Triosephosphate isomerase from Giardia lamblia derivatized with MMTS
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / GIARDIA / ALPHA/BETA BARREL / THIOMETHYLATION / ALFA/BETA BARREL / THIOMETHYLATION OF CYS14 / CYS222 / CYS 228
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Enriquez-Flores, S. / Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A. / Reyes-Vivas, H.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Determining the molecular mechanism of inactivation by chemical modification of triosephosphate isomerase from the human parasite Giardia lamblia: A study for antiparasitic drug design.
著者: Enriquez-Flores, S. / Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Alcantara, G. / Oria-Hernandez, J. / Gutierrez-Castrellon, P. / Perez-Hernandez, G. / Mora-Ide, L. / Castillo-Villanueva, A. / Garcia- ...著者: Enriquez-Flores, S. / Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Alcantara, G. / Oria-Hernandez, J. / Gutierrez-Castrellon, P. / Perez-Hernandez, G. / Mora-Ide, L. / Castillo-Villanueva, A. / Garcia-Torres, I. / Mendez, S.T. / Gomez-Manzo, S. / Torres-Arroyo, A. / Lopez-Velazquez, G. / Reyes-Vivas, H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Disulfide bridges in the mesophilic triosephosphate isomerase from Giardia lamblia are related to oligomerization and activity.
著者: Reyes-Vivas, H. / Diaz, A. / Peon, J. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Alcantara, G. / De la Mora-De la Mora, I. / Enriquez-Flores, S. / Dominguez-Ramirez, L. / Lopez-Velazquez, G.
履歴
登録2010年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7399
ポリマ－28,0461
非ポリマー6938
水2,324129
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,47818
ポリマ－56,0932
非ポリマー1,38516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.373, 102.881, 118.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-270-

HOH

21A-277-

HOH

31A-311-

HOH

41A-381-

HOH

51A-382-

HOH

61A-383-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 28046.400 Da / 分子数: 1 / 変異: C202A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
株: WB STRAIN / 遺伝子: GLTIM / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS / 参照: UniProt: P36186, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 5MICROL OF C202A (13MG/ML) DISSOLVED IN 100MM TRIETHANOLAMINE, 10MM EDTA, MIXED WITH 5MICROL OF 2M AMMONIUM SULFATE,5% ISOPROPANOL, pH 7.4. Crystals were soaked with S-methyl ...詳細: 5MICROL OF C202A (13MG/ML) DISSOLVED IN 100MM TRIETHANOLAMINE, 10MM EDTA, MIXED WITH 5MICROL OF 2M AMMONIUM SULFATE,5% ISOPROPANOL, pH 7.4. Crystals were soaked with S-methyl methanethiosulfonate (MMTS), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月27日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→38.9 Å / Num. all: 20618 / Num. obs: 20391 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DP3

2dp3


解像度: 2.098→38.901 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1045 5.12 %random
Rwork0.1802 ---
obs0.1816 20391 98.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2092 Å20 Å2-0 Å2
2---0.7397 Å2-0 Å2
3---1.9489 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→38.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 0 41 129 2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1672809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.199792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0977-2.20830.31791350.24292588X-RAY DIFFRACTION94
2.2083-2.34660.2851510.2392772X-RAY DIFFRACTION100
2.3466-2.52780.2371640.19242738X-RAY DIFFRACTION100
2.5278-2.78210.21741490.17222774X-RAY DIFFRACTION100
2.7821-3.18450.17531450.15982793X-RAY DIFFRACTION100
3.1845-4.01150.17131550.15542818X-RAY DIFFRACTION100
4.0115-38.90760.20421460.18412863X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る