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- PDB-3pay: Crystal structure of a putative adhesin (BACOVA_04077) from Bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pay
タイトルCrystal structure of a putative adhesin (BACOVA_04077) from Bacteroides ovatus at 2.50 A resolution
要素putative adhesin
キーワードCELL ADHESION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2090 / Immunoglobulin-like - #2100 / Fimbrium subunit FimB/Mfa2/Mfa3 / Fimbrillin-A associated anchor proteins Mfa1 and Mfa2 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: A Distinct Type of Pilus from the Human Microbiome.
著者: Xu, Q. / Shoji, M. / Shibata, S. / Naito, M. / Sato, K. / Elsliger, M.A. / Grant, J.C. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Farr, C.L. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / ...著者: Xu, Q. / Shoji, M. / Shibata, S. / Naito, M. / Sato, K. / Elsliger, M.A. / Grant, J.C. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Farr, C.L. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Curtis, M.A. / Nakayama, K. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32020年4月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative adhesin
B: putative adhesin
C: putative adhesin
D: putative adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6567
ポリマ－144,3374
非ポリマー3183
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area50690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.107, 78.776, 84.105
Angle α, β, γ (deg.)93.880, 102.080, 103.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
putative adhesin


分子量: 36084.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / 遺伝子: BACOVA_04077 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7M1U3
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 20-332) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 20-332) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2000M calcium acetate, 10.0000% polyethylene glycol 8000, 0.1M Imidazole pH 8.0, 0.003 M S-adenosyl methionine (SAM), NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537,0.9796,0.9793
検出器タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97961
30.97931
反射解像度: 2.5→29.465 Å / Num. obs: 54374 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.744 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.590.351294298670175.8
2.59-2.690.2912.3103819575187.7
2.69-2.810.2162.8106839875188.2
2.81-2.960.1683.51088610125189.1
2.96-3.150.1174.71110210351189.1
3.15-3.390.0796.41068510029189.7
3.39-3.730.0648.11080110197190.3
3.73-4.260.0519.71066610126190.5
4.26-5.350.04410.71063010203190.4
5.35-29.4650.047111110610781193.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.465 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9025 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8861 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. ACETATE (ACT) AND POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 3. THE AUTONCS COMMAND OPTION OF BUSTER WAS IMPLEMENTED DURING REFINEMENT FOR APPLICATION OF NCS RESTRAINTS. 4. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 2758 5.07 %RANDOM
Rwork0.2138 ---
obs0.2151 54348 --
原子変位パラメータBiso max: 121.15 Å2 / Biso mean: 42.6014 Å2 / Biso min: 9.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2442 Å2-2.4254 Å26.4394 Å2
2--0.0085 Å2-5.6578 Å2
3---1.2357 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9732 0 21 239 9992
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4470SINUSOIDAL10
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes269HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1453HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10023HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1267SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11126SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10023HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13657HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.96
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2959 181 4.98 %
Rwork0.2133 3454 -
all0.2175 3635 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9147-1.10920.70552.5016-1.40612.16580.1660.32270.0477-0.3909-0.3506-0.21730.1690.48790.1846-0.04870.1037-0.0986-0.0164-0.0799-0.266934.2159-8.06632.9792
20.64780.08990.6511.7412-0.83511.9506-0.04840.02540.05730.2141-0.0111-0.228-0.07930.07820.0594-0.0920.0244-0.1299-0.0905-0.1283-0.127348.6743-15.364776.758
30.7977-0.50090.35881.5043-0.57451.93370.01390.0033-0.0331-0.0593-0.03850.0951-0.0545-0.10240.0246-0.04490.0176-0.0915-0.1667-0.1355-0.09948.69012.32354.2824
40.9312-0.430.59511.8462-0.4961.3350.0661-0.0779-0.13990.1185-0.03920.17180.1021-0.0766-0.0269-0.02070.0119-0.065-0.199-0.1316-0.10822.9665-38.474970.5274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C20 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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