[日本語] English
万見
- PDB-3p9p: Structure of I274V variant of E. coli KatE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9p
タイトルStructure of I274V variant of E. coli KatE
要素Catalase HPII
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / I274A variant / heme orientation
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / Chem-HDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase HPII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Modulation of heme orientation and binding by a single residue in catalase HPII of Escherichia coli.
著者: Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Donald, L.J. / Fita, I. / Loewen, P.C.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Catalase HPII
B: Catalase HPII
C: Catalase HPII
D: Catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,04620
ポリマ－337,0304
非ポリマー10,01616
水58,8913269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area63480 Å2
ΔGint-433 kcal/mol
Surface area79610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.500, 132.820, 122.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A28 - 753
2114B28 - 753
3114C28 - 753
4114D28 - 753

-
要素

#1: タンパク質
Catalase HPII / Hydroxyperoxidase II


分子量: 84257.422 Da / 分子数: 4 / 変異: I274V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b1732, JW1721, katE / プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-HDE / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S


分子量: 638.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38FeN4O5
#4: 化合物
ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→115.58 Å / Num. all: 426044 / Num. obs: 426044 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.583.10.591.2181058582210.5989.1
1.58-1.683.60.4161.7206403579480.41693.8
1.68-1.793.50.282.6189474540160.2893
1.79-1.943.50.1863.9174260504320.18693.3
1.94-2.123.50.1375.1165066475390.13795.4
2.12-2.373.60.1076.4160071441080.10797.8
2.37-2.743.90.0996.8153742396100.09999.3
2.74-3.354.20.0936.7142972336960.09399.9
3.35-4.744.70.0738.7121566261290.073100
4.74-29.1614.50.0678.865206143450.06799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1863 / WRfactor Rwork: 0.1498 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9043 / SU B: 2.768 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0696 / SU Rfree: 0.0742 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1848 21394 5 %RANDOM
Rwork0.1486 ---
all0.1504 426044 --
obs0.1504 425940 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.22 Å2 / Biso mean: 13.9812 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0 Å20.55 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22948 0 696 3269 26913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02224487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3352.03333568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32352914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64323.8441181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.199153778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.28415177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.23444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02119345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.321.514572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17223584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1239915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.784.59981
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5711 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.360.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.330.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.320.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.350.5
1AMEDIUM THERMAL2.012
2BMEDIUM THERMAL1.742
3CMEDIUM THERMAL1.672
4DMEDIUM THERMAL1.482
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0.33 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 1440 -
Rwork0.297 26760 -
all-28200 -
obs-26760 84.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0841-0.00530.01370.0732-0.01230.0753-0.0113-0.0197-0.0310.01270.01470.03070.0051-0.0035-0.00330.00480.00440.00930.00920.0140.02412.681-9.286331.4741
20.083-0.0331-0.01490.1098-0.00380.08010.00460.02270.0296-0.05210.00080.0153-0.0115-0.0053-0.00540.0296-0.0039-0.0130.01080.01430.02163.586111.8591-18.6221
30.08810.0141-0.00540.1004-0.01330.0701-0.01410.0192-0.012-0.05640.0127-0.01390.02520.00960.00140.0376-0.00580.010.0083-0.00480.005826.5139-12.0098-19.6072
40.08630.0378-0.02190.07030.00110.06160.0029-0.02540.0130.0148-0.0029-0.0101-0.01320.0227-00.0082-0.0012-0.00480.0187-0.00260.008630.05359.433731.5086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る