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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p9p | ||||||
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Title | Structure of I274V variant of E. coli KatE | ||||||
![]() | Catalase HPII | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / catalase / I274A variant / heme orientation | ||||||
Function / homology | ![]() catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loewen, P.C. / Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Modulation of heme orientation and binding by a single residue in catalase HPII of Escherichia coli. Authors: Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Donald, L.J. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3p9qC ![]() 3p9rC ![]() 3p9sC ![]() 3pq2C ![]() 3pq3C ![]() 3pq4C ![]() 3pq5C ![]() 3pq6C ![]() 3pq7C ![]() 3pq8C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 84257.422 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: I274V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-HDE / #4: Chemical | ChemComp-HDD / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 27, 2009 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTALS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→115.58 Å / Num. all: 426044 / Num. obs: 426044 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.22 Å2 / Biso mean: 13.9812 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.16 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5711 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0.33 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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