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- PDB-3p7y: Pentaerythritol tetranitrate reductase co-crystal structure with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p7y
タイトルPentaerythritol tetranitrate reductase co-crystal structure with bound (E)-1-(2'-hydroxyphenyl)-2-nitroethene
要素Pentaerythritol tetranitrate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme family / alpha / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-[(E)-2-nitroethenyl]phenol / Pentaerythritol tetranitrate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Toogood, H.S. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: A Site-Saturated Mutagenesis Study of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase Reveals that Residues 181 and 184 Influence Ligand Binding, Stereochemistry and Reactivity.
著者: Toogood, H.S. / Fryszkowska, A. / Hulley, M. / Sakuma, M. / Mansell, D. / Stephens, G.M. / Gardiner, J.M. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2010年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentaerythritol tetranitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1573
ポリマ－39,5351
非ポリマー6212
水13,421745
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.533, 70.349, 88.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pentaerythritol tetranitrate reductase


分子量: 39535.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
株: PB2 / 遺伝子: onr, PETNR / プラスミド: pBluescript II-KS(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P71278, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-P7Y / 2-[(E)-2-nitroethenyl]phenol / (E)-1-(2'-hydroxyphenyl)-2-nitroethene


分子量: 165.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 100mM sodium cacodylate, 100 mM sodium acetate, 16-18% isopropanol, pH 6.2, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→55.216 Å / Num. all: 112611 / Num. obs: 112611 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.2-1.264.50.2742.673943163250.274100
1.26-1.344.60.2213.371012155180.221100
1.34-1.434.60.1774.167001145900.177100
1.43-1.554.60.138562226136050.138100
1.55-1.74.50.1155.856352125310.11599.9
1.7-1.94.40.1056.149666113860.10599.9
1.9-2.194.10.0877.140737100420.08799.8
2.19-2.683.60.0679.43069784670.06798.8
2.68-3.794.10.0649.82748866660.06499.1
3.79-39.8093.60.0768.11248534810.07690.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H50

1h50


解像度: 1.2→30.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.146 / WRfactor Rwork: 0.1232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9462 / SU B: 0.825 / SU ML: 0.018 / SU R Cruickshank DPI: 0.0341 / SU Rfree: 0.0334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1475 5645 5 %RANDOM
Rwork0.1248 ---
obs0.126 112529 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.48 Å2 / Biso mean: 9.8403 Å2 / Biso min: 2.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 43 745 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.9814124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94434954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88923.931145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86515481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5921526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.22377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2960.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3621.5759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28622998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82131252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4484.51106
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.84935618
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.0543746
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.78634960
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 417 -
Rwork0.135 7845 -
all-8262 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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