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- PDB-3kft: Crystal structure of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kft
タイトルCrystal structure of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase complex with 1,4,5,6-tetrahydro NADH
要素Pentaerythritol tetranitrate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pentaerythritol tetranitrate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pudney, C.R. / Levy, C.W. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Evidence to support the hypothesis that promoting vibrations enhance the rate of an enzyme catalyzed H-tunneling reaction.
著者: Pudney, C.R. / Hay, S. / Levy, C. / Pang, J. / Sutcliffe, M.J. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2009年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentaerythritol tetranitrate reductase
B: Pentaerythritol tetranitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0486
ポリマ－78,8082
非ポリマー2,2404
水10,269570
1
A: Pentaerythritol tetranitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5243
ポリマ－39,4041
非ポリマー1,1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pentaerythritol tetranitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5243
ポリマ－39,4041
非ポリマー1,1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.150, 57.150, 410.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Pentaerythritol tetranitrate reductase


分子量: 39404.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: onr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71278
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris HCl pH 8.5 & 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0698 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0698 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 43135 / Num. obs: 43135 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.69
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 6646 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40.112 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 2169 5.03 %
Rwork0.1626 --
obs0.1657 43133 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.641 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5493 0 150 570 6213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5227871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3732106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1003-2.14910.31321550.21912523X-RAY DIFFRACTION93
2.1491-2.20290.3281280.21822706X-RAY DIFFRACTION95
2.2029-2.26240.30071470.21982610X-RAY DIFFRACTION96
2.2624-2.3290.29831550.20592663X-RAY DIFFRACTION97
2.329-2.40420.25961580.18762728X-RAY DIFFRACTION98
2.4042-2.49010.29861350.18012770X-RAY DIFFRACTION99
2.4901-2.58980.28431370.18422735X-RAY DIFFRACTION99
2.5898-2.70760.23751350.18552789X-RAY DIFFRACTION99
2.7076-2.85030.26571440.17582781X-RAY DIFFRACTION100
2.8503-3.02880.26151590.17882760X-RAY DIFFRACTION100
3.0288-3.26260.24721500.16812737X-RAY DIFFRACTION100
3.2626-3.59070.21391450.15782821X-RAY DIFFRACTION100
3.5907-4.10990.17981370.13962797X-RAY DIFFRACTION100
4.1099-5.17630.15851630.11972762X-RAY DIFFRACTION100
5.1763-40.11960.14661210.1332782X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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